单细胞文献速递 | Cell空间转录组新文速看~

2022-07-18 04:32:19, 星标关注上海欧易生物医学科技有限公司

【单细胞文献速递】是欧易生物推出的信息推送专题服务，定期推荐单细胞领域最新发表的高分文献，帮助广大科研工作者快速了解单细胞领域最新研究动态。

自2019年10月10日起至今，已陆续给大家推荐了127篇单细胞领域最新高分文献，本周最新推荐的5篇高分文章信息如下。

文末更有单细胞分析视频教学资源，

序号：2020-045

编者按：

TooManyCells，基于聚类结果，可以探索不同细胞簇之间的关系。预感这将是继拟时序分析之后的另一款“网红”软件，感兴趣的老师或同学可以提前了解一下。

TooManyCells识别并可视化单细胞分支的关系

【文献类别】计算方法-聚类

【发表期刊】Nature Methods

【影响因子】 28.5

【发表时间】2020.03.02

【文章摘要】

识别和可视化转录相似的细胞有助于准确探索单细胞转录组学揭示的细胞多样性。然而，广泛使用的聚类和可视化算法产生固定数量的细胞类群。固定的类群“分辨率”妨碍我们识别和可视化细胞状态梯队的能力。研究人员开发了TooManyCells，这是一套基于图形的算法，用于高效、无偏倚地识别和显示细胞分支。TooManyCells引入了一个可视化模型，该模型有意地建立在与降维方法正交的概念之上。TooManyCells还配备了一种有效的无基质分裂分层光谱聚类方法，这与目前流行的单分辨率聚类方法不同。TooManyCells支持对单细胞支进行多分辨率和多方面的探索。这种范式的一个优点是，它可以立即检测罕见和常见的人群，这些人群的表现优于流行的聚类和可视化算法，这一点已在现有的单细胞转录组数据集和白血病T细胞耐药性获取的新数据建模中得到了证明。

序号：2020-046

编者按：

作者通过激光显微切割在单细胞水平研究拟南芥胚胎发育时期细胞命运变化。

不算是高通量单细胞，但是显微切割技术对于稀有细胞的研究很有参考意义。

细胞谱系特异性转录组分析用于解释原胚细胞命运特定性

【文献类别】植物-胚胎分化

【研究手段】RNA-seq

【技术平台】Smart-seq

【发表期刊】Nature Communications

【影响因子】 11.9

【发表时间】2020.03.13

【文章摘要】

在拟南芥中，受精卵经历不对称的细胞分裂，形成早期原胚的头两种不同的细胞类型:顶端细胞和基底细胞。然而，引导顶端细胞和基底细胞分化发展的全基因组转录活性仍然未知。在这里，作者提出了一个全面的转录组分析的顶端和基底细胞谱系，揭示了在细胞谱系特化过程中不同的分子通路。选择性删除遗传转录本和特异性从头转录有助于建立细胞命运特异性的通路。自1细胞胚胎期以来，在顶细胞谱系中已经特异性激活了与胚胎相关的通路，但在基底细胞谱系中发现了向胚柄特异性通路的快速转录组重构。此外，长链非编码RNA和选择性剪接可能参与了细胞谱系特异化。这项工作也为阐明顶端和基底细胞在全基因组范围内分化的分子途径提供了有价值的细胞系特异性转录组资源。

序号：2020-047

编者按：

这篇文章并不属于当下火热的单细胞技术。

但是作者在通过观测单个的细胞形态变化，以此预测基因表达。形态组学，蛮有意思的。推荐给大家~

利用形态细胞对纳米结构的反应来预测基因表达

【文献类别】测定方法-形态组学

【发表期刊】Nature Communications

【影响因子】 11.9

【发表时间】2020.03.13

【文章摘要】

细胞以复杂的方式对环境做出反应，因此很难预测两者之间的直接关系。一个关键的问题是缺乏直接转化为生物功能的参数的信息表示。本文中，作者提出了一个平台，将细胞形态效应和由纳米结构诱导基因表达联系起来。作者通过该平台利用“形态”，一个细胞形态参数的多元数据集，建立了一个贝叶斯线性回归模型，该模型利用形态来稳健地预测纳米形貌引起的骨、软骨、肌肉和纤维基因表达的变化。此外，通过该模型，也可以从一个复杂的共培养微环境中有效地预测纳米拓扑诱导的基因表达。来自形态组的信息揭示了纳米形貌在单细胞水平上改变细胞间相互作用和成骨基因表达的先前未知的影响。细胞与物质相互作用所产生的形态与基因表达之间的预测关系为探索新的拓扑结构提供了希望。

序号：2020-048

编者按：

继上一篇文章，继续给大家速递一篇单细胞形态组学文章。

思考一下，如果形态组和转录组结果冲突时候，我们该相信哪个结果呢？

用于血液病诊断的多路单细胞形态测定法

【文献类别】测定方法-形态组学

【发表期刊】Nature Medicine

【影响因子】 30.6

【发表时间】2020.03.11

【文章摘要】

淋巴瘤和白血病的诊断要求血液病理学家将显微镜下可见的细胞形态与抗体识别的细胞表面分子表达结合起来。为了将这些融合到一个高通量、高复用、的单细胞测定方法中，研究人员通过它们潜在的、抗体可测的分子成分来量化细胞形态特征，这使得大型细胞计数仪能够像病理学家一样“看到”细胞形态。当应用于71个不同的临床样本时，单细胞形态分析揭示了每个主要细胞类型的稳健和独特的“形态”标记模式。单独来看，lamin B1突出急性白血病，lamin A/C有助于区分正常和肿瘤成熟T细胞，而VAMP-7则概括了光细胞侧散。结合机器学习，形态标记形成了正常和肿瘤细胞分布和分化的直观可视化。当重新校准髓细胞计数时，这种方法优于流式细胞术，并可与专业显微镜检查相媲美，从而避免了多年的专门训练。在独立的形态测量框架上的上下对传统表面标记物的背景分析，使得复杂的造血系统疾病的诊断更加灵敏和自动化。

序号：2020-049

编者按：

空间转录组新文章，速看

小胶质细胞以IL-6依赖的方式再生促进大脑修复

【文献类别】空间转录组-大脑

【研究手段】ST

【技术平台】10x

【发表期刊】Cell

【影响因子】 36.2

【发表时间】2020.03.05

【文章摘要】

认知功能障碍和反应性小胶质细胞是创伤性脑损伤(TBI)的标志，然而这些细胞是否会导致认知功能障碍和继发性炎症病理仍然知之甚少。本文中，研究人员证明了从小鼠大脑中去除小胶质细胞对TBI的结果几乎没有影响，但是通过药理学或遗传学方法诱导这些细胞的周转可以产生一种神经保护的小胶质细胞表型，这将极大地帮助恢复。这些新生小胶质细胞的有益作用严重依赖于通过可溶性IL-6受体(IL-6R)传递白介素-6 (IL-6)信号，并有力地支持成体神经发生，特别是通过增加直接支持认知功能的新生神经元的存活。研究人员的结论是，在哺乳动物的大脑中，小胶质细胞可以被控制成一种神经保护和前再生表型，可以帮助修复和减轻由脑损伤引起的认知缺陷。