晶体日记（四）- 眼不见心不烦？

谁都喜欢偷懒，这是人的天性。我也同样。

不知道从什么时候开始，Squeeze就成了精修结构的神技，在很多同学眼里，Squeeze成了降低R1值的杀技。甚至不无序的溶剂也草率地用squeeze一做了之，眼不见心不烦。说白了就是“懒”，然后振振有词的说，反正checkcif通过了。操作为先的学习模式下，很多同学在不懂Squeeze的原理的时候，竟然错误地认为Squeeze是“删除”Q峰的操作。不管什么情况，如有残余的Q峰很大，就上Squeeze来处理…

Squeeze本身是为了让晶体学工作者摆脱无意义的劳动带来的烦恼（彻底的溶剂无序），然而却被滥用成了“偷懒”的工具。甚至很多反常的结构（包括很多已经发表的结构），完全是squeeze造成的…

举例

举个例子，之前遇到的一个数。在拿到res文件的时候，我觉得很神奇。结构乍一眼看起来没什么问题，但是诡异的是分子之间间距很远，没什么相互作用，让人怀疑这个晶体是如何生长出来的。hkl文件看起来也挺好，信噪比，Rint都符合同学们的喜闻乐见。而且确定没有孪晶，但就是R1值很高，将近30%，居高不下。问题是最大的Q峰也不过1.1。这是如何发生的？

一切皆有原因，超高的GOOF值，也意味着这个结构模型肯定有问题。果不其然，在查看了原始的数据之后，很快发现这个数据已经是被做过手脚的。做过了squeeze，但是并没有重新命名，而是用了原本的hkl文件的名字。好在现在版本的PLATON-Squeeze保留了原始数据的hkl，而不是之前的版本修改了hkl（我十分赞同的这个改动，让很多作弊的数据现出原形）。所以在去除了ABIN指令后，我惊奇的发现，这个Squeeze起了好大的作用啊… 周围很大Q的峰立即显现出来。但是不知道是什么分子。

于是干脆重新重新解析，原来原本主体分子的周围分散了好多DMSO分子。

此时在没有做各向异性的情况下，R值在25%左右，也好于之前无法理解的27%。但是事情到这里并没有结束。因为这里的每个S原子的温度因子都不正常，旁边的Q峰虽然不大，但是于表明着每个DMSO都存在着倒扣的无序。如果不处理，而是像很多同学“偷懒“，过度的运用约束指令，此时的R1仍然会高达18%。对于一个Rint值只有7.8%的数据，这远远没有达到这个数据该有的水平。

于是这个数据的问题的根源其实已经一目了然，之所以修不下去只是因为“懒”不想做无序处理，又迷信Squeeze的威力，然而却越做越糟糕，反而去怀疑数据本身的问题。

在大概做完无序处理之后，R1值就会直线下降，最终结构很轻松地修到了R1=9%左右，看起来诡异的问题，最终皆大欢喜。而这个结构本身完全没有任何理由去做Squeeze，因为结构中并不存在完全无序的溶剂区域。

所以不要那么草率地去偷懒，偷懒也不是那么容易的…

Squeeze科普

想想还是科普下Squeeze吧。

Squeeze的初衷是如果溶剂分子位于结构的孔洞中央，与主体分子没有什么相互作用，且是高度无序，完全没有办法正常处理的情况下，我们可以使用Platon-Squeeze “人为”地移除它….

这里的重点是后面的省略号，是无奈之举。而且不要误以为你真的移除了溶剂分子，处理还是不处理都无法改变结构本身，它仍然在哪里。Squeeze只是计算了相应的孔洞区域中无序的溶剂分子对结构因子的贡献，并在结构精修中将其考虑在内。所以我们才能看到R1值的下降。

所以如果并不是孔洞区域的无序的Q峰，Squeeze是不会起任何作用的。

几条原则：

1. 结构精修是傅里叶变换的过程，结构模型中的孔洞区域的电子密度 可能是糟糕的结构模型而导致的。所以切勿在对主体结构无序处理完成之前进行squeeze的操作。

2. 溶剂的抗衡离子包含着重要的结构和化学信息，如果不是万不得已切勿使用squeeze草率的去除溶剂分子。

3. 如果溶剂中存在明显的反常散射信号的分子，也不要使用squeeze。

4. 最重要的原则：在实在没有办法使用Squeeze之前，更好的处理方法永远是用restraint和constraint去搭建溶剂分子，而不是草率地去偷懒。不要一味的去追求checkcif。

从学生到审稿人都以checkcif作为判断结构的标准，其实是件挺恐怖的事情。

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