破解进口冷链新冠病毒全基因组测序难题！华大智造助力济南疾控中心全面提升疫情防控能力

2021-02-22 11:20:19, 华大智造深圳华大智造科技有限公司

为持续加强冷链食品在进口、运输、贮存、销售等环节中的新冠病毒风险防控，近日，济南市疾病预防控制中心（以下简称“济南市疾控中心”）成功完成1份进口冷链物品涂抹物新型冠状病毒弱阳性样本全基因组测序工作。通过对测序结果进行生物信息学分析，显示该样本的病毒株序列属于G clade（B.1,20A）分支，与我国既往已报道的输入性病例的新冠病毒不存在关联性。由具体突变位点和进化关系来看，不属于目前海外流行的英国、巴西、南非等新变异株或其近源株。

值得关注的是，本次测序工作由济南市疾控中心实验室联合华大智造，采用华大智造测序试剂与高通量测序仪进行测序分析，克服了弱阳性样本低病毒载量时难以获得全基因组序列的困难，从而成功完成此次弱阳性样本的全基因组测序工作。

资料来源：济南市疾控中心

华大智造高通量测序平台

助力破解测序难题

高通量测序技术在发现新病原、识别已知病原及鉴定未知病原等方面发挥关键作用。为此，济南市疾控中心在去年已部署华大智造基因测序实验室，以尽早防控疫情并追踪阳性样本变异情况。

据了解，该基因测序实验室配备了华大智造自动化样本制备系统MGISP-100、高通量基因测序仪MGISEQ-200和PFI病原感染快速鉴定系统，可“连线”华大智造方舱实验室：样本在方舱实验室被确定为阳性样本后，可以通过基因测序平台快速、准确、全面地将病毒进行分类鉴定，同时提供完整的病毒基因序列信息。

济南市疾控中心工作人员利用高通量基因测序仪MGISEQ-200探索病毒变异情况

依托华大智造小巧灵活、性能优异的高通量基因测序仪MGISEQ-200，济南市疾控中心顺利完成此次全基因组测序工作。通过在全球公开数据库比对发现，该毒株的基因组序列与WuHan-Hu-1(NM908947)相比，存在14个突变位点。同源性分析显示，该病毒株基因组序列与Pakistan/NIBD-04-KHI/2020（巴基斯坦）和Bermuda/204990924/2020（百慕大）高度同源，其中NIBD-04-KHI序列源于巴基斯坦2020年10月份感染病人，204990924序列源于百慕大2020年11月份感染病人。结合冷链物品的流行病学分析，提示该批次产品在巴基斯坦污染的可能性极大。

资料来源：济南市疾控中心

测序结果显示，单个样本的新冠病毒序列数至少达到4M条，测序深度平均10000×以上，有效实现了对新冠病毒的高精准溯源，保证了溯源结果的完整性和及时性。

“移动核酸检测+基因测序”

双重平台，双重保障

为提升当地疫情防控能力，济南市疾控中心同时配备了华大智造“移动核酸检测+基因测序”双平台，分别由方舱实验室与测序实验室组成。其中，方舱实验室是山东省引入的首台方舱实验室，可以推进核酸样本的快速诊断与大规模样本检测，助力提升济南市公共卫生应急检测能力。

除了上述提及的可“连线”测序实验室之外，华大智造方舱实验室还符合加强型二级生物安全实验室标准，到达指定地点后，无需进行场地装修和改造安装，便能快速投入战斗，可以灵活布置到车站、港口、社区等场所，不受空间限制。

华大智造方舱实验室

华大智造“移动核酸检测+基因测序”双平台的投入使用也得到了济南市疾控中心的高度认可。对此，济南市疾控中心发文表示：“引入华大智造方舱实验室是提升济南市公共卫生应急检测能力又一力举，而华大智造的高通量测序技术也帮助我们有效实现了对新冠病毒的高精准溯源，保证了溯源结果的完整性和及时性，这也标志着我中心基因测序能力的提升，也是我们与华大战略合作的又一成果。”