传染病研究综述系列报道（二）: 多重和慢性感染

如果潜在原因未知的话，反复出现的传染病可能为管理带来挑战。反复出现的疾病是由于患者中未治疗的微生物库，还是患者暴露在外部的感染源中？这个问题的答案将从根本上改变患者的治疗方式，让感染得以控制。

在感染过程中，随着微生物不断适应宿主反应和临床干预，它们获得了突变，如慢性感染过程中的耐药性发展。因此，自然获得的感染可能包含几种克隆。或者，克隆也可能代表反复感染。新一代测序提供了一份微生物的高分辨率图谱，可轻松分辨这两种可能性。微生物序列也为抗生素耐药性和毒力的发展提供了见解。

对于患者1因微生物的进化，单次感染可能导致两种克隆类型。这些克隆高度相似，区别仅为单核苷酸突变，它们可能出现在基因组的任何位置。对于患者2克隆之间存在一些不相关的差异。这可能是由于多次感染。多个克隆都具有感染控制的临床意义。

一些重要的人类病原体，革兰氏阳性和阴性，在经历转化。遗传转化是指细胞从环境中吸收DNA并将序列整合到其基因组的过程。转化是临床上很重要的机制，因为它让细菌能迅速适应临床干预；其例子包括促进疫苗逃避和主要的呼吸道病原体肺炎链球菌形成青霉素耐药性。

克隆具有临床意义，因为它们可能包含耐药基因，这导致治疗后耐药克隆的存活增强以及后续治疗失败的可能性。

目前的方法需要有关标记的先验知识，这些标记可鉴定每个克隆，但PCR 常常无法检测低丰度的克隆。

对于患者1单次感染为响应临床干预而逐步获得突变。这些克隆高度相似，区别仅为单核苷酸突变，它们可能出现在基因组的任何位置。对于患者2微生物积极从环境的供体中获得抗生素耐药性或毒力基因。这一过程实现了耐药性或毒力的快速变化。

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