自动化微生物工作站发挥益生菌的力量

Tecan Journal 01/2018，关键词：食品科学，Fluent

抗生素耐药性问题给食品行业的生产者带来越来越大的压力，因为他们被要求避免使用预防性抗生素作为家畜饲料中的添加剂。为了寻找替代方案，美国Agro BioSciences公司利用鸡、猪和奶牛肠道中的微生物群，尝试寻找抑制病原体生长的办法。

所有的多细胞生物，比如植物和动物，都是各种细菌、真菌和其他微生物的宿主。这种“微生物群”对它们的生存至关重要，并且可以影响人工养殖的动植物的健康和口味。

Agro BioSciences的分子生物学家Josh Rehberger解释说：“家畜周围的环境可能会对家畜体内微生物群的组成产生重大影响。这种“Microbial Terroir™”以多种方式影响动物的健康，包括它们的生长速度和对病原体的抵抗力。因此我们将益生菌添加到饲料中以增强有益微生物群的作用。目前美国正在推进根除家禽家畜生产中抗生素的使用，意味着我们需要特别关注如何利用微生物群帮助减少动物体内的病原体数量。”

“我们会从全国各地的农场收集大量样本。样本可以是家禽的肠道样本、牛的粪便拭子或瘤胃样品，以及猪的粪便和肠道样品。平均而言，我们每天会收到约100份家禽样本以及牛和猪各60份样本。每个样品都将接种到多种不同的培养基上，通常每个样品需大约三个培养皿，为菌落挑选和后期的应用做好准备。通过这样的方式，我们每周需要分离的菌落量大约为2000个左右。因此在2016年我们需要一个自动化的解决方案，可以执行接种、菌落挑选和一些下游样品制备的工作，让实验室工作人员可以有时间进行其他研究活动。” 

“我们研究了市面上的多种方案，真正使Tecan脱颖而出的是他们将自动化接种作为液体处理工作站的一部分，似乎还没有其他供应商能提供这种能力。我们最初对Freedom EVO®全自动液体处理工作站感兴趣，因为当时SciRobotics的PetriPlater™和Pickolo™自动接种模块都已经集成到该系统中。但最终我们选择了更大通量和更高速度的Fluent®自动化工作站。” 

PetriPlater™自动接种模块

“现在我们的实验室中拥有两台Fluent工作站：一台配备了PetriPlater平板接种模块，和PetriSel™高容量平板存储模块，以及两台KingFisher™Presto核酸提取仪（来自Thermo Fisher）。另一台配有Pickolo菌落挑选模块。培养皿在第一台设备上进行全自动接种后被移至离线培养箱中过夜培养，然后被加载到配备Pickolo的平台上进行自动菌落计数和菌落挑选至96孔板。与手工操作相比，这个系统速度更快，并且消除了过程中可能出现的人为臆断。紧接着，一部分96孔板存储在我们的离线冷冻机中，另一部分在整合了KingFisher™Presto的Fluent上执行自动化DNA提取。”

Pickolo菌落挑选模块

“来自Tecan和SciRobotics的专家给与我们很大的帮助，方便了我们日后进一步的开发。从客户的角度来看，Tecan和SciRobotics之间的良好合作关系对我们好处良多，确保我们总能够在有相关技术问题的时候得到答案。”Josh总结道。 

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