【质谱小课堂第三期】今天开始谈谈有关iTRAQ的“花边新闻”

【原创】今天开始和各位聊聊有关iTRAQ的一些“花边新闻”。前几期主要介绍了一些蛋白质鉴定中的常见问题，具体内容各位看官可以往前翻一下。今天也会先从iTRAQ实验中最基本的定性问题开始讲起。

—— 问题一：iTRAQ实验中蛋白质鉴定可信度的判断标准是什么？

关于如何判断蛋白质鉴定可信度的问题在前面第一期中提到过，不过那个答案是针对shotgun实验中的蛋白质鉴定，今天回答的是针对iTRAQ实验中的蛋白质鉴定可信度，两者有区别，阅读需谨慎！

小编回复：本次给出的答案前提是判断PD软件分析得出的蛋白质定性和定量结果。何谓PD软件，PD全称Proteome Discoverer，Thermo Scientific出品。

iTRAQ 实验中蛋白质定性的筛选标准为peptide FDR≤0.01。FDR是通过检索目标数据库（Target database）和Decoy库（Decoy库由Proteome Discoverer软件自动创建）后，根据得到的匹配图谱数量计算得来。设置该软件中的“High Confidence FilterSettings” 高可信度过滤参数即可得到符合FDR≤0.01的数据。

—— 问题二：UniProt数据库（www.uniprot.org）中蛋白质名称中各部分含义是什么？

蛋白质分析所用的数据库有很多，等哪天顺溜了，小编会出一个关于蛋白质数据库的介绍文，各位看官可以期待一下。今天就以实际项目中最最常用的数据库UniProt为例介绍一下蛋白质名称中各部分的含义是什么。

小编回复：实际项目中如无特殊要求，一般都会选用UniProt数据库。看到下面这一长条命名，有没有赶脚很头晕：

tr|W6NF68|W6NF68_HAECODNA RNA helicase domain containing protein OS=Haemonchus contortus GN=HCOI_01691200PE=4 SV=1

不要晕，下面小编为你一一解析。

tr=TrEMBL（UniProtKB 中包含两类数据库：Swiss-Prot, which is manually annotated and reviewed；TrEMBL, which isautomatically annotated and is not reviewed.）

W6NF68为蛋白质登录号

HAECO DNA RNA helicasedomain containing protein为蛋白质名称及其描述

OS=Organism Name（物种名称）

GN=Gene Name(基因名称)

PE=Protein Existence

SV=Sequence Version。

这么一分解是不是很容易理解呢？

上海中科新生命生物科技有限公司成立于2004年，拥有独立的服务平台，通过自主创新技术以及与中国科学院上海生化细胞所蛋白质组研究分析中心的合作，已成为行业内技术领先的服务提供商，可专业提供生物制药质量评估、蛋白质组学、代谢组学以及生物信息学服务。公司自成立至今，已为超250家生物医药公司、超350家科研院校、超200家临床医院提供服务。