2020-04-13 09:14:40 上海中科新生命生物科技有限公司
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每日关键点:Cytoscape String蛋白数据库 互作网络图
之前(文末有链接哦~)我们演示了如何使用Cytoscape导入数据以及图形展示,想必大家对Cytoscape这款软件有了基本的了解。这一期我们将在之前教程的基础上提供一种使用Cytoscape快速展示String蛋白数据库的互作网络图的方法。
目前在网上搜索到的很多教程是基于旧版本,为了大家能更好理解Cytoscape的使用以及本着与时俱进的原则,我们选择了最新的3.5.1版本作为演示。惊不惊喜,意不意外?
通常我们看到的String数据库给出的互作网络图是这样的:
是不是觉得这图很杂乱,难以查找自己所关心的蛋白。怎么获得一张清晰精简的互作网络图呢?通过Cytoscape就能快速完成以上需求,最主要的,只需要3步即可!
首先我们需要一个String数据库所提供的的互作信息文件:string_interactions.tsv。我们主要关心该文件内前两列数据:node1和node2,以及最后一列数据:combined score。我们顺便重新温习下导入数据过程:File -> Import -> Network,然后默认设定,点击OK即可。我们可以看到图中仅显示有互作关系的蛋白,所以比String数据库的原图精简了一点。
接下来我们需要对图进行一定程度的修饰。比如我们希望连接度(degree)大小能以不同颜色和大小的node显示,并且combined score值的大小能以不同大小edge凸显出。我们先点击Tools -> NetworkAnalyzer -> Network Analysis -> AnalyzeNetwork,默认设置,点OK即可。然后点击同样Tools下的Generate style from statistics,会出现一个小窗口,如下所示:
通过这种方法,我们能快速地将degree值赋予Map NodeSize和Map Node Color,以及将combined_score值赋予Map Edge Size,然后按照第一期的教程修改Node大小和颜色的方法,就能形成一张美观的蛋白互作网络图,如下:
如果觉得这互作图不够精简,我们还可以通过cytoscape来展示指定某一个蛋白的互作网络图。如只关心ctaC蛋白(即degree最高的那个node)以及与ctaC蛋白有互作关系的蛋白所形成的网络图:我们可以先鼠标左键选中ctaC蛋白,然后点击如下图所示按钮:
最后点击File -> New -> Network ->From selected nodes即可形成一张局部互作网络图,如下图所示:
总结一下,这种使用Cytoscape快速展示String蛋白数据库的互作网络图的方法只需要三个步骤即可:1.导入数据;2.将degree等值赋予图形参数(node大小颜色等);3.修改图形参数。
以上介绍的为展示String互作网络图的一种简单的方法,我们为了让互作网络展示更多的信息,还可以将每个蛋白的foldchange信息以及P.value信息加入其中,以形成一张更加美观的网络图,这就需要更加深入了解Cytoscape的使用方法,各位多摸索练习就会啦!小编就不一一展示了。
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