学习计算IC50怎么能少的了四参数拟合教程呢?

2019-12-03 13:07:50, 美谷分子仪器 美谷分子仪器(上海)有限公司


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源自美国

专业的生物分析仪器公司

上一期的视频中,

我们学习了如何进行 ELISA 实验数据处理,

不知道大家学会了吗?

来和我一起进入今天的新内容吧——

IC50 指“反应”被抑制一半时抑制剂的浓度,

在制药领域中是一个很重要的参数,

对药物的药效、安全性等的评价等具有重要意义。


但计算 IC50 时,

我们需要完成的抑制率-浓度曲线,

往往需要至少 4 个参数来定义,

而这个 4 参数拟合的过程,

常常成为一个繁琐且复杂的难点。


那么如何处理才更方便呢?


本期,让我们一起看看——

如何在 SoftMax Pro 软件上,

快速使用 4 参数拟合调用 IC50 值。

*流量预警:13.5 MB。

以实例手把手教你通过四参数拟合确定 IC50 值

进入我们的案例就是 IC50,也就是常见的半抑制率。这个是广泛用于毒理、安全性评价、药效的一个常见的处理方式。


IC50 这个词语常见伴随着四参数拟合,有 A 值,也有 D 值。那么四参数呢, 四个参数来定义这条曲线,就是我刚才所说的,A 上平台,D 下平台,C 值是对应着半有效剂量,EC50/IC50,B 就是它的斜率。公式就是这样的。那么在四参数的情况下,如果你的纵坐标,你的 y 轴是抑制率的时候呢,它 50% 对应的就是我们今天想知道的 IC50 这个浓度。


在整个案例中,我首先会给大家介绍如何进行对照组的调用,就是建立 100% 的 control。在这个基础上之后,我们进行抑制率的计算,然后在这个基础上之后我们可以去作图。作完图在这个图的基础上同样用 interpx 的公式去调用你感兴趣的 IC50。


好,我们来进入案例。


大家看到我这边是有一张 ELISA 板的,然后这个结果其实我把组给分配好了。我们点一下 Template Editor 来看一下这些组是怎么排布的。

首先,PlateBlank 组,药物处理组,这个是我们之前就设置过的。这个时候,我们来添加这个 Control 组,那么在这个组设置的时候呢,大家留意一定要选择 Custom 这边。点 OK。

那么第一步呢,因为 Control 组一般就是溶剂处理组,也就是细胞活力最高的没有任何抑制率的,那么我们把它定义为 100%,用来做个矫正。怎么去定义呢?双击 Control 组,其实非常简单,我们只要调用这两个孔的均值就行了,所以我们在 Formular 中输入 Average(values)。点 OK,定义值就完成了。


在这个值的基础上,我们去原来的药物处理组的表格。

我已经添加好了一列,叫 inhibiton%,我的公式已经输好了,我们来看一下这个公式是怎么完成的:就是你药物处理组的每个 OD 值,除以我前面提供的 100%,这个比值之后再用 1 去减,这就对应它的抑制率:药物效果越好,他的 OD 值越低,它的抑制率就会越高,最后再乘以 100% 就行了。

在这个的基础上,我们就可以做一个药物的剂量和抑制曲线图。


点一下 StandardCurve,在默认的这个图里面,他的横坐标是你的浓度,纵坐标是你的抑制效应,我这边已经全部拟合好了。


那么这个是怎么完成的呢?也是非常简单。我们点一下 Plot Editor。我们可以看到,这也是我们软件的一个特点,就是横坐标和纵坐标可以完全自己定义。这边的横坐标是浓度,那么纵坐标,我们就可以选择刚才建好的 inhibiton%。


如果你只需要简简单单的看你的浓度跟你的 OD 值之间的变化的话,就可以选择这个MeanValue,这就是你的药物浓度和 OD 值的变化。但是我们今天需要拿 IC50,所以选择 inhibiton%,这样一个曲线就做完了。

在这个曲线的基础上,我们就可以去拿 IC50 和 IC20 这种值了。


那么怎么去拿呢?我通过 Comparison Model 让大家看得更清楚一点。首先我定义我的抑制率需要多少,这里建一个 Summary 2,这个时候比如说我要定一个 IC50,这里输入 50,这就是了。

后面呢,一样的,非常简单,通过 Interpx,然后调用这条标曲,并且调用 Summary 2 去换算对应的浓度。那么 20.825 就是这张图的IC50 值。点 OK。

 

那么有的时候你们需要其他的抑制率,比如说我要换 IC80、IC90,都是非常灵活的,软件可以完全自动判断的。包括 IC20,都是可以的。

 

这就是今天的案例,IC50,半抑制率的调用。

以上就是使用 SoftMax Pro 7 版本酶标仪软件使用 4 参数拟合调用 IC50 值的全部内容,更复杂或特殊的情况在此未进行讨论,欢迎大家留言咨询~

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SoftMax Pro 系列软件是 Molecular Devices 公司酶标仪专用软件,拥有非常强大的数据处理功能,同时推出普通版及企业版:

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