产品介绍
基于新一代高通量测序技术,对小基因组(包括线粒体、叶绿体、病毒、质粒等)进行全基因组测序,可以得到其全基因组序列,并预测重要的基因和蛋白,进而研究物种分类、进化分析、致病性以及与宿主的相互作用,开发疫苗,研制新型抗生素等。由于这些物种的编码特征、基因组结构和蓝细菌等原核生物更加类似,分析方法也有所类同,因此一并归入微生物基因组领域。
美吉优势
拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,保证高质量的数据;
拥有多种测序平台和强大的计算机资源,提供zei佳的测序解决方案和快速的分析平台;
拥有专业的分析团队,全面的分析内容,提供全面和高质量的基因组解析结果;
产品类型
小基因组框架图:构建Illumina PE(~400bp)文库,通过Illumina(Miseq/Hiseq)平台测序并进行de novo基因组组装,初步获得基因组序列和功能注释信息
小基因组完成图:构建PacBio RS II(~10K)文库,基于多种测序平台(ABI3730xl,Illumina Miseq/Hiseq,Pacbio RS II)获得基因组完成图并进行深度生物信息挖掘。
实验流程
框架图分析流程: 完成图实验流程:
生信分析
生信分析内容:
标准分析 |
高级分析I(序列分析) |
高级分析II(比较基因组) |
原始数据统计与处理 |
基因组圈图绘制 |
mVISTA分析 |
基因组拼接 |
重复序列分析 |
基因组进化树构建 |
基因预测 |
SSR分析(只针对叶绿体) |
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非编码RNA预测 |
耐药和致病性分析(只针对质粒和病毒基因组) |
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Nr/Swiss-prot注释 |
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COG/GO/KEGG注释 |
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技术参数
框架图承诺指标:
基因组覆盖度大于95%,基因区覆盖度98%以上,单碱基错误率低于十万分之一
完成图承诺指标:
0 GAP,1 contig。
送样要求:
1)样品类型: DNA
2)样品需求量(单次):基因组DNA:≥2μg(框架图),基因组DNA:≥10μg(完成图)
3)样品浓度:≥20ng/µL
4)样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。
5)样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。
案例解析
案例一:褐藻Saccharina japonica叶绿体全基因组结构特征及其比较基因组分析
本文对褐藻Saccharina japonica的叶绿体进行全基因组测序,研究了其结构特征;同时构建了含有40种叶绿体蛋白的数据集和26种叶绿体蛋白的数据集,基于两种数据集与Fucus vesiculosus和Ectocarpus siliculosus的叶绿体基因组进行了比较基因组分析。
图1 S. Japonica的叶绿体基因组圈图
案例二:大豆的线粒体基因组测序研究
大豆线粒体基因组根据酶切多态性可以分为四类,且有4.8kb的大片段重复,基因组大小约392kb。目前,豆科植物中,绿豆(Vigna radiata)、百脉根(Lotus japonicus)和水黄皮(Millettia pinnata)线粒体基因组已被测序,这些基因组都比大豆简单。本文对大豆线粒体基因组进行测序,结果显示大豆线粒体基因组结构是目前种子类植物中zei复杂的,而且大豆核基因组、线粒体、叶绿体基因组之间存在DNA的水平转移。
图1 大豆线粒体基因组圈图
参考文献
[1] Wang XL, Shao ZR, Fu WD, Yao JT, Hu QP and Duan DL. Chloroplast genome of one brown seaweed, Saccharina japonica (Laminariales, Phaeophyta): Its structural features and phylogenetic analyses with other photosynthetic plastids. Marine Genomics,2013,10(2):1-9.
[2] Chang S, Wang Y, Lu J, et al. Correction: The Mitochondrial Genome of Soybean Reveals Complex Genome Structures and Gene Evolution at Intercellular and Phylogenetic Levels.Plos One, 2013, 8(2):e56502.
常见问题
小基因组de novo测序样品DNA要求?
小基因组样品制备过程容易受到核基因组、宿主基因组等污染,污染严重会对后续基因组拼接带来一定程度的影响。
①对于线粒体、叶绿体DNAzei好能提供纯化后的叶绿体、线粒体DNA样品或者PCR产物;
②病毒基因组zei好能先纯化病毒后再提取基因组,减少宿主污染;
③质粒DNA样品,需要提供质粒的宿主菌基因组序列信息,后续通过比对去除宿主菌污染再进行拼接;
小基因组de novo测序,
小基因组de novo测序信息由上海美吉生物医药科技有限公司为您提供,如您想了解更多关于小基因组de novo测序报价、型号、参数等信息,欢迎来电或留言咨询。