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小基因组de novo测序

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AI问答
可以做哪些实验,检测什么? 可以用哪些耗材和试剂?

产品介绍

基于新一代高通量测序技术,对小基因组(包括线粒体、叶绿体、病毒、质粒等)进行全基因组测序,可以得到其全基因组序列,并预测重要的基因和蛋白,进而研究物种分类、进化分析致病性以及与宿主的相互作用,开发疫苗,研制新型抗生素等。由于这些物种的编码特征、基因组结构和蓝细菌等原核生物更加类似,分析方法也有所类同,因此一并归入微生物基因组领域。

美吉优势

拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,保证高质量的数据;

拥有多种测序平台和强大的计算机资源,提供zei佳的测序解决方案和快速的分析平台;

拥有专业的分析团队,全面的分析内容,提供全面和高质量的基因组解析结果

产品类型

小基因组框架图:构建Illumina PE(~400bp)文库,通过Illumina(Miseq/Hiseq)平台测序并进行de novo基因组组装,初步获得基因组序列和功能注释信息

小基因组完成图:构建PacBio RS II(~10K)文库,基于多种测序平台(ABI3730xl,Illumina Miseq/Hiseq,Pacbio RS II)获得基因组完成图并进行深度生物信息挖掘。

实验流程

 

    框架图分析流程:                        完成图实验流程:

 

生信分析

生信分析内容:

标准分析

高级分析I(序列分析)

高级分析II(比较基因组)

原始数据统计与处理

基因圈图绘制

mVISTA分析

基因组拼接

重复序列分析

基因组进化树构建

基因预测

SSR分析(只针对叶绿体)

非编码RNA预测

耐药和致病性分析(只针对质粒和病毒基因组)

Nr/Swiss-prot注释

COG/GO/KEGG注释

技术参数

框架图承诺指标:

基因组覆盖度大于95%,基因区覆盖度98%以上,单碱基错误率低于十万分之一

完成图承诺指标:

0 GAP,1 contig。

送样要求:

1)样品类型: DNA

2)样品需求量(单次):基因组DNA:≥2μg(框架图),基因组DNA:≥10μg(完成图)

3)样品浓度:≥20ng/µL

4)样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。

5)样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。

案例解析

案例一:褐藻Saccharina japonica叶绿体全基因组结构特征及其比较基因组分析

本文对褐藻Saccharina japonica的叶绿体进行全基因组测序,研究了其结构特征;同时构建了含有40种叶绿体蛋白的数据集和26种叶绿体蛋白的数据集,基于两种数据集与Fucus vesiculosusEctocarpus siliculosus的叶绿体基因组进行了比较基因组分析。

图1 S. Japonica的叶绿体基因组圈图

案例二:大豆的线粒体基因组测序研究

大豆线粒体基因组根据酶切多态性可以分为四类,且有4.8kb的大片段重复,基因组大小约392kb。目前,豆科植物中,绿豆(Vigna radiata)、百脉根(Lotus japonicus)和水黄皮(Millettia pinnata)线粒体基因组已被测序,这些基因组都比大豆简单。本文对大豆线粒体基因组进行测序,结果显示大豆线粒体基因组结构是目前种子类植物中zei复杂的,而且大豆核基因组、线粒体、叶绿体基因组之间存在DNA的水平转移。

图1 大豆线粒体基因组圈图

参考文献

[1] Wang XL, Shao ZR, Fu WD, Yao JT, Hu QP and Duan DL. Chloroplast genome of one brown seaweed, Saccharina japonica (Laminariales, Phaeophyta): Its structural features and phylogenetic analyses with other photosynthetic plastids. Marine Genomics,2013,10(2):1-9.

[2] Chang S, Wang Y, Lu J, et al. Correction: The Mitochondrial Genome of Soybean Reveals Complex Genome Structures and Gene Evolution at Intercellular and Phylogenetic Levels.Plos One, 2013, 8(2):e56502.

常见问题

小基因组de novo测序样品DNA要求

小基因组样品制备过程容易受到核基因组、宿主基因组等污染,污染严重会对后续基因组拼接带来一定程度的影响。

对于线粒体、叶绿体DNAzei好能提供纯化后的叶绿体、线粒体DNA样品或者PCR产物;

病毒基因组zei好能先纯化病毒后再提取基因组,减少宿主污染;

质粒DNA样品,需要提供质粒的宿主菌基因组序列信息,后续通过比对去除宿主菌污染再进行拼接;

小基因组de novo测序信息由上海美吉生物医药科技有限公司为您提供,如您想了解更多关于小基因组de novo测序报价、型号、参数等信息,欢迎来电或留言咨询。

注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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