染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay ChIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与 DNA 相互作用的信息。ChIP 不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。而且，ChIP 与其他方法的结合，扩大了其应用范围：ChIP与基因芯片相结合建立的ChIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选。

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芯片推荐：Nimblegen 2.1M Deluxe Promoter Arrays

芯片内容：该款芯片包含了所有已知启动子区以及人、小鼠中选择性转录起始位点，也覆盖了所有已注释的CpG岛、miRNA启动子和人工选择的ENCODE（仅限人）区。

芯片推荐：Nimblegen 385K Two-Array Sets

芯片内容：该款芯片包含了所有注释过的剪接变体和选择选择性转录起始位点。该芯片为研究由RefSeq、MGC和UCSC所包含的转录调控元件在基因组水平的图谱提供了最为全面的工具。目前只有针对人、小鼠、大鼠和拟南芥的产品。

芯片推荐：Nimblegen 385K Single Arrays

芯片内容：385K RefSeq Promoters 包含RefSeq数据库中所有被较好特征化的基因，启动子区域以长为50-75mer的探针以约100bp的间隔覆盖。目前只有人和小鼠相关产品。

385K RefSeq XM Promoters 包含了由NCBI基因组注释计划所产生的accession号以XM开头序列，它们代表了由ab initio的预测结果，或者和已知基因具有一定的同源性。这些序列代表了在NCBI Contigs中注释的转录本和蛋白，它们可能与GenBank中提交的mRNAs或curated RefSeq中以 NM、NR、NP开头的记录有所不同。目前只有针对人和小鼠的产品。

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