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简介
RAD测序 RAD(restriction association site DNA)是与酶切位点相关的DNA。RAD测序可得到标签序列(RAD-tag),并检测与其相关的变异(SNP,Indel,SSR)。RAD测序能够降低基因组的复杂度,操作简便,同时不受参考基因组的限制,能够快速的鉴定出高密度的变异位点,可以广泛应用于分子标记开发、遗传图谱的构建、群体遗传学研究等。
应用领域
遗传图谱构建及QTL定位
群体遗传学分析
局部组装及新分子标记开发
分析内容
1. 标准信息分析
a)测序数据基本分析
b)RAD tag产出数据统计
c)个体RAD tag聚类及统计
d)群体RAD tag 聚类
e)群体基因型信息提取及统计
2. 高级信息分析
a)饱和度分析
b)Scaffold组装(利用Paire-end read 的read2)
c)利用Scaffold检测SNP,Indel及SSR,并进行PCR引物设计
d)群体变异频率统计(为后续大群体验证挑选标记提供参考)
e)群体进化树分析
f)群体结构分析(利用Structure软件分析群体间的可能基因交流)
g)群体主成分分析(分析群体聚类关系)
h)遗传图谱构建及QTL分析
i)遗传图谱整合(需提供同一作图群体原图谱数据)
样品要求
1. 样品类型:DNA 样品;无降解或轻微降解;无污染。
2. 样品需求量(单次):每次样品制备需要1ug 样品,如果需要多次制备样品,则需要样品总量=制备样品次数*1 ug;
3. 样品浓度:≥25 ng/μl,推荐浓度为100~200 ng/μl;
4. 推荐样本大小:子代个体数≥ 100;
项目周期
标准流程的运转周期约为45 个工作日。
RAD测序,
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