RAD测序

简介

RAD测序 RAD（restriction association site DNA）是与酶切位点相关的DNA。RAD测序可得到标签序列（RAD-tag），并检测与其相关的变异（SNP，Indel，SSR）。RAD测序能够降低基因组的复杂度，操作简便，同时不受参考基因组的限制，能够快速的鉴定出高密度的变异位点，可以广泛应用于分子标记开发、遗传图谱的构建、群体遗传学研究等。

应用领域

遗传图谱构建及QTL定位

群体遗传学分析

局部组装及新分子标记开发

分析内容

1. 标准信息分析

    a)测序数据基本分析

    b)RAD tag产出数据统计

    c)个体RAD tag聚类及统计

    d)群体RAD tag 聚类

    e)群体基因型信息提取及统计

2. 高级信息分析

    a)饱和度分析

    b)Scaffold组装（利用Paire-end read 的read2）

    c)利用Scaffold检测SNP，Indel及SSR，并进行PCR引物设计

    d)群体变异频率统计（为后续大群体验证挑选标记提供参考）

    e)群体进化树分析

    f)群体结构分析（利用Structure软件分析群体间的可能基因交流）

    g)群体主成分分析（分析群体聚类关系）

    h)遗传图谱构建及QTL分析

    i)遗传图谱整合（需提供同一作图群体原图谱数据）

样品要求

1. 样品类型：DNA 样品；无降解或轻微降解；无污染。

2. 样品需求量（单次）：每次样品制备需要1ug 样品，如果需要多次制备样品，则需要样品总量=制备样品次数*1 ug；

3. 样品浓度：≥25 ng/μl，推荐浓度为100~200 ng/μl；

4. 推荐样本大小：子代个体数≥ 100；

项目周期

标准流程的运转周期约为45 个工作日。

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途