基于蛋白质芯片的血清标志物的筛选是获得生物标志物的第一步，后续仍需要严格的验证。就这一部分而言，分为三个部分：
1. 样品选择
样本的选择和质量极其重要。考虑到疾病的复杂性和个体差异性，需要准确记录每个样本的各个参数，以获得准确的和可靠的结论。
样本选择要求：
a. 有明确的临床诊断结论；
b. 血清收集时zei好未进行治疗(除特别研究外）。
取样步骤和要求：
a. 需用促凝采血管，采血量为6-10ml，收集血清3-5ml;
b. 血样需离心，离心转速为3000rpm，4℃，5分钟；
c. 所有血清标本用标准冻存管保存，1 ml/管，每例病人血清保存3-5管；所有标本于-20℃环境保存时间不大于7天， -86℃可长期保存。
2. 芯片筛选
按照本公司标准SOP执行，简述为：
a. 芯片封闭——使用BSA封闭芯片上为结合蛋白的位点。
b. 血清样品孵育——血清按照一定的比例稀释，在存在封闭剂的条件下加入到芯片表面，该步骤使得血清中存在的抗体同其特异性识别的抗原结合；
c. 清洗——去除未结合的蛋白和抗体；
d. 荧光检测——使用荧光标记的anti-Human-IgG或IgM或IgD的二抗针对性检测结合的抗体，清洗后置于荧光扫描仪下显示结果。
3. 数据分析
由本公司专业数据分析团队完成，具体方法简述为：
a. 依据芯片蛋白样品标记文件（Gel file）提取所有血清样本对应芯片上的所有蛋白点的荧光信号数据；
b. 使用基于背景的算法对芯片（样品）间的数据进行归一化处理;
c. 基于数学检验统计分析，找出在开放性肺结核、非开放性肺结核特异性蛋白，并计算其与健康人和其它对照组的P值。
d. 画出聚簇分析图和box-plot图，生成潜在血清标志物名单。
结核杆菌蛋白质组芯片及其分泌蛋白芯片，可用于发现结核病或结核感染相关的疾病标志物，如开放性肺结核、肺外结核、HIV共感染等。
人蛋白质组芯片，可用于发现肿瘤、自身免疫疾病等的疾病标志物。
以上获得的潜在标志物均需要更多样品和更严格的验证。
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