传染病研究综述系列报道（一）: 病原体与病毒鉴定

新一代的测序技术是一套无比强大的工具，为改善传染病的诊断和治疗打开了大门。全基因组的新一代测序可在单个分析中检测和鉴定传染源，而无需预先知道任何临床表现。这一分析还能为抗生素耐药性、传染源的毒力和来源提供信息。所有微生物的通用检测带来了一个简化而统一的实验室流程，它客观，不依赖操作员的技能，也很容易验证和控制。更准确的诊断和治疗将减少住院时间，使得抗生素的使用更为慎重与深思熟虑，其最终的受益者将是患者，他们将受益于护理水平的提高。

本综述旨在突出近期发表的论文，它们证明了新一代测序技术在检测和控制传染源上的应用和潜力。

一般性综述

Didelot, X., Bowden R., Wilson D. J., Peto T. E. and Crook D. W. (2012) Transforming clinical microbiology with bacterial genome sequencing. Nat Rev Genet 13: 601-612

作者将目前细菌鉴定和分型的实践与基于新一代测序的流程进行了比较。他们预测，新一代测序的应用很快将会足够快速、准确且经济地应用在常规的临床微生物学实践中。它将以单一、更高效的流程取代目前临床微生物学实践中所使用的许多复杂技术。这篇综述还讨论了在机构、临床实验室的技能组合及基础设施上要采用这种技术所必需的变化。

Loman, N. J., Misra R. V., Dallman T. J., Constantinidou C., Gharbia S. E., et al. (2012) Performance comparison of benchtop high-throughput sequencing platforms. Nat Biotechnol 30: 434-439

这篇综述测试了三台市售的台式测序仪的性能。产志贺毒素的大肠杆菌O104:H4 的分离株被测序并用常用的组装和分析管道进行分析。显示了各个测序仪所产生的序列质量。

病原体鉴定

传统的微生物鉴定依靠临床症状和一些先验知识来鉴定微生物。一些病例是非典型的，无法鉴定。随着国际旅行的增加，一些热带疾病也出现在意想不到的地方。此外，一些生物仍然未知，且许多无法在实验室中培养，这使得问题更加复杂化。在某些情况下，生物会完全逃逸出检测。新一代测序直接拷问基因组，可检测和鉴定全新、无法培养的生物，同时获得流行病学和生物学的信息，如毒力和抗生素耐药性。

病毒鉴定

病毒感染的模糊症状让它们成为诊断上的一个挑战。此外，它们的遗传多变和严格的培养需求又让它们的鉴定成为一种挑战。最近的研究证明了新一代测序检测和鉴定病毒的能力，而这些病毒往往能逃逸过传统技术的检测。这种检测能力引发了在肿瘤和慢性病中寻找病毒感染的研究新热点。

高灵敏度以及无需先验知识让新一代测序成为病毒检测和鉴定的首选工具。

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