【解读】Shotgun技术研究旋毛虫的故事

2020-04-17 22:15:09 上海中科新生命生物科技有限公司


文献来自中科新生命客户(郑州大学医学院)同期发表。

Shotgun - One

Screening and characterization of early diagnostic antigens in excretory-secretory proteins from Trichinella spiralis intestinal infective larvae by immunoproteomics. Parasitol Res. 2015 Oct 15.

旋毛虫肌幼虫排泄-分泌(excretory–secretoryES)抗原是最常用的旋毛虫病诊断抗原,但其特异性的抗体在感染早期难以检测到。该研究的主要目的是鉴定具有诊断价值的最早期入侵阶段的肠感染幼虫(intestinal infective larvaeIILES抗原蛋白。


作者首先收集肠感染幼虫的ES蛋白并进行SDS-PAGE电泳,然后利用受感染小鼠的抗血清进行WB杂交,结果发现有6个条带在感染10天时即可被抗血清明显识别。利用LC-MS/MS的shotgun方法对这些条带进行了分析,作者鉴定出了30个具有注释信息的蛋白质,生物信息学GO功能注释显示其中27个蛋白具有水解酶活性。丝氨酸蛋白酶、胰蛋白酶(推测)、脱氧核糖核酸酶II家族蛋白等可被认为是旋毛虫病有效的早期诊断抗原。该研究为筛选肠道感染旋毛虫病的早期诊断抗原提供新的见解。


Shotgun - Two

Comparative proteomic analysis of surface proteins of Trichinella spiralis muscle larvae and intestinal infective larvae. Acta Trop. 2015 Oct; 150: 79-86.

旋毛虫肌肉幼虫(ML)激活成为肠道感染性幼虫(IIL)并侵入小肠上皮细胞是旋毛虫感染的关键步骤。肠道感染性幼虫是旋毛虫侵入的第一个时期,其表面蛋白直接暴露在宿主环境中,因此对于幼虫的侵入和发育至关重要。


研究人员利用LC-MS/MS的shotgun技术,对ML和ILL的表面蛋白质进行了大规模的蛋白质表达谱分析;研究发现41个蛋白质在ML和ILL中均有表达,另有85和113个蛋白质分别在ML和ILL中特异表达;结合生物信息学GO注释,揭示了这些蛋白质主要参与前体代谢物和能量的生成;一些在IIL中特异表达的蛋白质可能在幼虫侵入和发育过程中发挥着重要作用。qPCR结果进一步证实了部分基因在ILL中的高表达。该研究为旋毛虫侵入以及宿主-旋毛虫相互作用机制提供了新的思路,并为疫苗的研发提供了候选抗原。

上海中科新生命生物科技有限公司成立于2004年,拥有独立的服务平台,通过自主创新技术以及与中国科学院上海生化细胞所蛋白质组研究分析中心的合作,已成为行业内技术领先的服务提供商,可专业提供生物制药质量评估、蛋白质组学、代谢组学以及生物信息学服务。公司自成立至今,已为超250家生物医药公司、超350家科研院校、超200家临床医院提供服务。




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