2024-04-22 13:26:00, 赛默飞生命科学 赛默飞世尔科技生命科学产品
蛋白研究最难的实验是啥?
如果从
WB, IHC, ICC, IF, IP, Co-IP, ChIP
这些实验中选一个,你会选啥?
以上都体验过一遍的同学,大概率会选染色质免疫沉淀(ChIP)。各种各样的组蛋白修饰,蛋白和核酸缠缠绵绵,真让人傻傻分不清楚。但又不得又爱又恨,爱的是做出来着实让文章上一个level,恨的是步骤繁琐,并且好用的抗体也是凤毛麟角。
借今天的机会给大家推荐Invitrogen的表观遗传抗体,至少要经过免疫沉淀-质谱联用、多肽序列、SNAP-ChIP™ spike-in等一种方法检测,确保抗体的特异性。多肽序列验证是对各种特定修饰的组蛋白最常见的验证,还可用于分析特定抗体修饰如赖氨酸乙酰化的特异性。今天我们将会重点对其展开讨论。
首先,什么是多肽序列验证呢?
简单来讲,就是利用批量组合已知肽段测试抗体特异性。将含有 384 种不同修饰组合的组蛋白肽段分成等份滴定到芯片上,加入待验证抗体,然后使用 HRP二抗和化学发光检测法检测信号。在下述实例中,采用H3K4me1重组多克隆抗体(#710795)特异性检测H3赖氨酸4甲基化。数据证明该抗体与H3K4me2和甲基化组蛋白赖氨酸 20 的交叉反应性极低。另外该抗体未检测出其他组蛋白 H3 的修饰,或其他组蛋白及其它修饰。说明其特异性较好。
图1为重组多克隆抗体(货号#710795)和其他供应商的H3K4me1抗体测试结果。以1:20 00稀释的一抗孵育过夜,后续用山羊抗兔IgG(重链)superclonal重组二抗(货号#A27033)检测。
类似的,再举个例子。
如果您想要了解H3K9me2蛋白在基因组上结合的位置,需要确保仅沉淀二甲基(me2)标记而不是单甲基(me1)或三甲基(me3)标记。严格意义上来讲识别H3K9me2的抗体有概率会同时识别H3K9me1,如果抗体特异性不够会给您的实验带来误导。此处使用多肽序列验证方法,设计了包含384个来自组蛋白N端尾部并包含59个翻译后修饰位点的多肽。
图2.结果显示Invitrogen的H3K9me2重组多克隆抗体(#710796)在特异性上优于其他品牌(图 A/B),并且功能分析实验中(图 C)使用不同品牌的H3K9me2抗体沉淀后对对已报道的阳性对照PABPC1和cFOS分析,发现Invitrogen H3K9me2重组多克隆抗体组信号更优,阴性对照(SAT2和SATa)无较大差别。
多肽序列验证也可用于评估二抗的亚类特异性。在下面的例子中,对IgG不同的片段和Fc对照进行WB分析。此外,还通过ELISA对κ和λ特异性IgG1、人IgG Fc和一系列不同物种的IgG进行分析。在这两种情况下,山羊抗人IgG (κ轻链)重组二抗HRP都能特异性检测κ轻链,并且与λ轻链、人IgG Fc或其他种属的IgG无反应性。
图三. 多肽序列验证重组二抗(货号#A56864)的特异性。
常见的翻译后修饰包括甲基化、乙酰化、磷酸化等。借此机会小编给大家推荐几种常见并好用的多肽序列验证的翻译后修饰抗体。
甲基化 - 一个、两个或三个甲基被引入到赖氨酸或精氨酸中。在组蛋白的情况下,指组蛋白甲基转移酶(HMT)对组蛋白残基和单、二或三甲基化具有特异性。
乙酰化 - 来自乙酰辅酶A的乙酰基通过组蛋白乙酰转移酶(HAT)被引入特异性组蛋白赖氨酸残基中,并且可通过特异性组蛋白去乙酰化酶(HDAC)去除乙酰基。乙酰化通常与基因活化有关。
磷酸化 - 激酶使组蛋白上的特异性丝氨酸、苏氨酸或酪氨酸磷酸化,并且可通过磷酸酶进行去磷酸化。磷酸化通常发生在DNA修复和有丝分裂期间。
泛素化 - 可通过E3连接酶引入泛素,并可通过去泛素化酶(DUB)将其去除。虽然泛素化常常是蛋白质降解的标志,但在这种情况下,泛素化是一种表观遗传标记。
表1.Invitrogen经多肽序列验证过的组蛋白PTM抗体及二抗
*ARRAY代表多肽序列验证
这里不得不提Invitrogen重组抗体,源自生成单克隆抗体的细胞系,通过分离及克隆特定抗体的重链和轻链DNA序列而产生。这些单抗不会因细胞系的改变或批次间的改变而受影响,因此可实现高且稳定的特异性和性能。而重组多克隆抗体为重组单抗混合物,同时兼具单抗的高特异性和多抗的多表位覆盖和高灵敏度。您值得拥有!
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