CNV检测“万花筒”,MLPA还能这样用!

2023-11-25 15:19:28, 赛默飞基因科学 赛默飞世尔科技生命科学产品


拷贝数变异(Copy number variation,CNV)一般指长度为1kb以上的基因组大片段拷贝数的增加或减少。CNV在人类基因组上分布广泛,人类基因组中约5%~10% 的区域存在CNV,远高于其他遗传变异形式。每个人基因组中都会携带CNV,大多数是良性,但少数的致病CNV会涉及多种疾病,包括染色体病、单基因遗传病、肿瘤易感性和其他复杂疾病等。

CNV检测方法如何选择?

CNV检测分为细胞水平检测和DNA水平检测,细胞水平的检测包括核型分析和FISH检测,DNA水平检测包括array-CGH 、SNP-array、MLPA(多重连接依赖探针扩增)检测和NGS检测方法。MLPA更具有成本效益并提供更大的灵活性和靶向分析。然而,array-CGH 、SNP-array和NGS提供全基因组覆盖,可以分析更大的样本量和各种样本类型。根据样本类型、研究目标及预算选择合适的方法。

MLPA到底如何实现强大的功能?

MLPA通过DNA变性、探针与样本DNA杂交、杂交探针的连接、连接探针的PCR扩增、PCR产物通过毛细管电泳基因分析平台分离片段,进行实验样本自身标化及与正常对照样本相比较,根据产物峰值来评价是否存在基因的重复或缺失。

荷兰MRC-Holland公司拥有MLPA全球专利

MLPA,基因拷贝数变异(CNVs)首选技术

MLPA是检测CNV突变的常用手段,具有灵敏、高效、省时省力等特点,基于该技术研发的300余种产品已在临床上得到广泛应用。在多种疾病的国内外专家共识、指南中,MLPA技术被列为首选或推荐使用的检测技术。

MLPA技术优势:

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高通量:所有的探针共用通用引物,单次反应可含60种不同探针检测靶序列拷贝数情况。

02

准确性高,重现性好:能够区分单碱基差异的核苷酸序列;试剂盒操作,可重复性强。

03

灵敏度高:仅需50ng人类基因组DNA即可检测。

基于毛细管电泳(CE)基因分析平台,MLPA覆盖多领域基因检测

MLPA生殖健康出圈,贯穿出生缺陷三级防控网络

在生殖健康领域,MLPA通过检测特定基因或基因组区域的拷贝数变化、缺失和重复,包括染色体异常、微缺失综合征和遗传综合征,应用于携带者筛查、产前诊断及遗传病检测中,贯穿出生缺陷三级防控网络。

01

单基因遗传病

近期备受关注的罕见单基因遗传病如脊髓性肌萎缩症(SMA)、杜氏肌营养不良(DMD)等,致病基因明确,建议使用MLPA技术进行检测,可明确区分携带者、患者、正常人,为罕见病的早防、早诊、早治提供可靠依据!对于地中海贫血、遗传性耳聋等常见单基因遗传病,MLPA也可以作为常规检测的补充,用于疑难标本的检测,完善地中海贫血基因检测流程。

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染色体病

染色体病在自发性流产、死胎、早夭中占50%以上,通过染色体病的遗传咨询和产前诊断来预防染色体病非常关键。

染色体病临床面临的挑战:

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核型分析是此类疾病检测的“金标准”,耗时长、易污染,需要一种快速、简单的分子检测技术来进行辅助诊断。

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智力低下/脑发育迟缓(MR/DD)近年来国外发现除常规染色体异常外,染色体亚端粒拷贝数变异也是重要的致病原因。

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染色体微缺失/微重复综合征涉及变异种类多、临床表现相似,导致确诊困难。

MLPA探针组,包括染色体非整倍体(13、18、21、X、Y)、亚端粒筛查、中心粒检测、31种染色体微缺失/微重复综合征检测等,不仅在辅助诊断上得到广泛应用,在疾病分子机制的研究上更是拥有十分重要的意义。

MLPA应用于肿瘤易感性检测

许多肿瘤往往呈现出家族聚集性特点,除生活环境、生活习惯等因素影响之外,遗传因素也是不可忽视的原因之一。大多数肿瘤易感基因变异为点突变,采用二代测序技术可检出,但易感基因突变类型也存在一定比例的拷贝数变异,如遗传性乳腺癌(BRCA1/2)、急性淋巴细胞白血病等。采取MLPA结合其他方法学,可有效提高肿瘤易感基因变异的检出率,更好地指导患者治疗。

MLPA检测基因甲基化状态

DNA甲基化在调节印迹基因表达中起着至关重要的作用,而基因的甲基化异常属于一种特殊类型的遗传病,此类疾病常见为:Prader-Willi/Angleman综合征、Beckwith-Wiedemann/Russell-Silver综合征等。《儿童遗传病遗传检测临床应用专家共识》中指出:涉及印迹基因的变异或表达异常的遗传病,建议首选甲基化的MLPA检测。

对于某些疾病的致病机制导致的基因发生甲基化状态异常,如脆性X综合征,MLPA也可以检测。

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