AnalyzerPro 数据分析软件 Q&A (第2期)

2023-11-20 15:35:31, 华质君华质泰科生物技术（北京）有限公司

往期链接：

1、 AnalyzerPro® 兼容性如何？

该软件可以兼容多种质谱采集格式，如 CSV、mzXml、JCamp、NetCDF、Text 等。质谱品牌或型号可以是下面任何一家：安捷伦、SCIEX、布鲁克、岛津、LECO、赛默飞、Advion、沃特世、JEOL、MassTech 等。

2、AnalyzerPro® 能处理原位质谱以外的质谱数据吗？

当然能的，除了 AIMS 原位质谱数据之外，AnalyzerPro® 支持主流的质谱分析数据如 GC-MS 气质、2D GC×GC-MS 二维气质联用、LC-MS 液质、2D LC×LC-MS、CE-MS 毛细管电泳质谱、AIMS 原位质谱、MALDI 质谱等。

3、数据库检索除了 NIST 之外，还可搜索其他库吗，对格式有要求吗？

AnalyzerPro® 使用 NIST 检索算法，包括 Forward Search（采集的数据有多少能匹配谱库）和 Reverse Search（谱库里有多少能匹配采集的数据）。

可以检索任何采用 NIST 格式的数据库，包括以 NIST 格式提供的 Wiley 库。

详见：https://sciencesolutions.wiley.com/mass-spectral-databases/。

安装 NIST 时，MSSEARCH 文件夹中有一个 Lib2 NIST 程序，它允许将多种数据格式转换为 NIST 格式（Lib2NIST .exe）以及选择输出类型。

详见：https://chemdata.nist.gov/mass-spc/ms-search/Library_conversion_tool.html

AnalyzerPro® 还可以使用用户创建的目标组份库。目标组份库通过导入 .msp 文件来创建，这些文件可以在 NIST MS Search 程序中创建并导出。如果从主 NIST 库导出为 .msp 格式，再导入到 AnalyzerPro® 的目标库格式，则在使用目标库时需要 NIST license。

4、能否选择火山图中某一类化合物建库比如只对显著（Significant）的化合物建库？

可以。如下图右侧 Legend 中所表示的那样，火山图中显著或不显著的 Components 都会显示出来。从矩阵结果报告中，可首先通过“Remove Components”删除那些不显著项。

点击 Apply 后，矩阵结果和火山图会刷新显示：

然后通过 Matrix Report 右上角的“Save Target Library”将所有显示的 components 保存到 Target Library 中。

5、火山图中的三角形代表什么？

在 Components 处理方法下，一个“三角形”代表一组质荷比 m/z，具体可见界面右下角的谱图；在 Features 处理方法下，一个“三角形”代表一个质荷比 m/z，即对应于某个化合物的特征离子。

6、特征分子谱图在数据处理时起什么作用？应怎么利用？如何设置质荷比 m/z 显示的小数位？

无需纠结谱图本身。只要将特征数据建库，后续即可使用。特征分子表示该分子（物质）在样品中具有重要作用，能够反映样品的某些重要特征。比如食品中不是所有的挥发性风味化合物都对该食品的风味有贡献，找到特征物质分子即可很好地反映食品风味的特性。

质荷比 m/z 小数位在质量精度部分的设置如下：

如小数位设置太多，可能会出现质荷比 m/z 的理论值与实测值小数部分不一致，影响目标匹配。

7、进行 direct-MS 实验时，如何扣背景？

AnalyzerPro® 在处理 direct-MS 实验数据时无需扣背景空白，只需在样品拆分时将“阈值线”提高即可。

8、处理 PCA 聚类时，横纵坐标的选择依据是什么？

主成分分析法 PCA 的原理是将 n 维特征映射到 k 维上。第一个新坐标轴选取是原始数据中方差最大的方向，第二个新坐标轴选取是与第一个坐标轴正交的平面中方差最大的，以此类推。软件在进行 PCA 聚类时，默认呈现的是 PCA1 和 PCA2，即贡献度最大的两个主成分。

9、既然 Components 由连续扫描窗口中的一系列质荷比 m/z 组成，是否可认为一个 Components 中不同的质荷比 m/z 都来自同一个前体离子？

Components（组分）即指某特定的化合物。不过，“前体离子”在质谱检测中有特定的含义，一个组分中不同的 m/z 可能并不来自同一个前体离子。

10、设置扫描窗口大小的标准是什么？

通常扫描窗口决定了一个峰值上的扫描次数。扫描窗口的设定为我们分离不同组分提供了方法。如下图中所示：扫描窗口设置为 0.1，那么 7.0 与 7.1 将会分为不同组分，但是如果扫描窗口设置为 0.2，那么我们就只能得到一个组分。

11、除了聚类分析外，PCA 还可以用于识别分析吗？

是的，PCA 可用于识别分析。它可帮助发现变量之间的关系，并对不同变量之间的关系进行探索性分析。它也可用来发现哪些变量对结果影响最大，以及如何通过改变变量来改变结果。主成分分析（PCA）主要是一种用于特征选择或数据可视化的无监督降维技术。虽然 PCA 通常不用于识别分析，但它可以间接地帮助识别。

例如，您可以设置一个实验来确定未知样本是否属于已知类别。为此，我们处理了 3 家不同制药公司生产的药物 A 的 5 个重复和 2 个未知样本。从下面的 PCA 显示中可以看到，Pharma 1、Pharma 2 和 Pharma 3 中的药物 A 聚集在右侧，而两个未知样本似乎没有与已知药物 A 聚集在一起。因此，这两个未知样本不是药物 A。在这种情况下，未知样本是药物 A 的假冒产品。为了评估未知样本与药物 A 之间的差异，我们可以使用火山图。

12、有数据库可供原位源® 如 SICRIT、DISI、DART 等使用吗?

是的，数据库可自建、开源分享、商业采购、借用其他技术版本。如，NIST 有 EI 谱库和 ESI 谱库可借鉴；不过前者 EI 谱库内碎片峰多，母离子少；后者 ESI 谱库各厂家的谱库指征不同，母离子有，但化合物覆盖范围远比原位源要窄。若需原位源的建库协助，或原位质谱数据分析协助，请联系华质（微信公众号：ASPECTech；微信号：AIMS-Groups）。

13、火山图中 P 值阈值的设置依据是什么？

P 值是火山图中显著性的截止值，通常根据所需的统计显著性水平来确定。P 值 0.05（或更低）通常被用作统计显著性的阈值，表示观察到的差异是显著的，而不是偶然的。

14、目标库中的置信度设置为 70:30 的基础是什么?

置信比是质谱匹配可靠性的度量。70:30 给出了一个加权值，该值基于 NIST正向搜索分数的 70%（目标数据匹配到谱库）和反向搜索分数的 30%（谱库数据匹配到目标）。反向搜索值的权重低是因为反向搜索对不匹配的 m/z 没有惩罚，不如正向准确。

欲了解更多应用，敬请联系我们！

电话：010-6439 9978

邮箱：info@aspectechnologies.com

往期推荐

AnalyzerPro 数据分析软件 Q&A (第1期)