提高孢子/花粉分类水平的另一种方法——荧光寿命成像(FLIM)

2023-08-23 20:52:21, 胡真真 徕卡显微系统(上海)贸易有限公司


上海师范大学杨仲南团队薛景石博士和南京地质古生物研究所毛礼米研究员发现FLIM可以在孢子/花粉分类方面提供新信息 

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陆生植物在陆地环境中作为独立的有机体产生单倍体孢子/花粉。孢子/花粉可以记录当时的生态环境和气候变化。通过对孢子/花粉的研究,可以了解古植物的种类、演化和分布情况,推测当时的植被类型和覆盖范围等。这些信息可以用于研究古生态系统和古生物地理分布,为地球的生命演化研究提供重要证据。


孢子/花粉的外壁主要由孢粉素组成,在地质时间内化学性质稳定。由于其耐酸碱,抗分解等特性,利用化学手段对孢粉素物质构成解析困难。孢粉素壁的形态学研究是孢粉学中进行孢子/花粉物种分类的经典方法。一方面,利用光学显微镜、扫描电子显微镜等手段应用于形态学研究。然而,利用形态观察的方法难以区分物种之间形态相似的孢子/花粉。另一方面,基于光谱学的手段如傅里叶变换红外/拉曼光谱等也可以提供孢子/花粉分类水平上的信息。然而,这些手段基于花粉内容物来进行种间差异分析,在孢子/花粉化石的形成时内容物消失,所以在古生物学研究中这些手段并不能在花粉分类上发挥作用。


因此,在古生物学研究中,基于孢粉素的不同孢子/花粉物种种间差异分析目前仍然是棘手的问题


2023年7月10日,上海师范大学杨仲南团队及中国科学院南京地质古生物研究所毛礼米团队合作在Review of Palaeobotany and Palynology发表题为Fluorescence lifetime imaging of sporopollenin: An alternative way to improve taxonomic level of identifying dispersed pollen and spores 的研究成果。该工作利用荧光寿命成像(FLIM)方法研究孢粉素荧光寿命,发现FLIM可以作为提高孢子/花粉分类水平的一种方法,可以区分同一属内形态极为相似的花粉,在古植物学和孢粉学中具有极大的应用潜力。

在这项工作中,研究团队收集了栽培稻花粉粒 O. sativa来研究孢粉素的荧光寿命,使用乙酰化处理 15min 纯化了孢粉素壁并选取最大横截面进行分析(图1A)。研究人员显示了孢粉素的荧光寿命衰减时间(图1B),并表明三种荧光团在O. sativa的孢粉素中拟合优度更佳(图1E和F)。三种荧光团显示出不同的荧光寿命和相同的位置信息(图1G),表明O. sativa的孢粉素由这三种荧光团共同组成

图1.通过 FLIM 分析在栽培稻的孢粉素中鉴定出三种荧光团 (A)O. sativa 花粉的3D成像和最大横截面图像的自发荧光。比例尺=5µm。(B)O. sativa 孢粉素壁的波长扫描。最大荧光强度被人为定义为 100%。(C)在 440 nm激发下的水稻的FLIM。颜色条表示荧光寿命(ns)。比例尺=5µm。(D)O. sativa花粉的荧光寿命衰减曲线。(E)用一至四个指数函数拟合的O. sativa 花粉荧光衰变曲线的残差。(F)用一至四个指数函数拟合的荧光团的 χ2和寿命。(G)三种荧光团的定位。荧光团,和分别显示为蓝色、绿色和红色。寿命大小和相对强度显示在图像的顶部。合并后的图像显示在最下方平面图中。

为了探究孢粉素内荧光团构成在其他物种内情况,研究人员从有代表性的维管植物中收集了孢子/花粉(图2A和B)。尽管荧光衰减时间曲线各不相同,但χ2 -value和方差分析表明,所有测试物种中存在三种荧光团,并且显示出相同的定位。并且,三种荧光团的荧光强度和寿命在不同物种中是存在差异的,研究人员以荧光团,τ1、τ2、和τ3作为x/y/z轴绘制三维散点图,空间上展现了FLIM在不同物种的孢子/花粉分类水平上提供了新信息(图2C)。

图2.在不同种类的维管植物中观察孢粉素的FLIM。(A)采集自玉米、油菜、拟南芥、柳杉、水杉、水蕨、海金沙和石松的孢子/花粉粒的3D自发荧光和最大横截面图像。从左到右:比例尺=10.9µm、3.8µm、2.6µm、4.4µm、4.05µm、12.9µm、 10.55µm和6.15µm。(B)八个物种的孢子/花粉的FLIM。颜色条表示寿命(ns)。从左到右:比例尺= 10.9µm、3.8µm、2.6µm、4.4µm、4.05µm、12.9µm、10.55µm和6.15µm。(C)3D散点图通过使用,τ1、τ2、和τ3和作为 x、y和z轴显示了不同物种的孢粉素荧光团寿命。

之后在同一属内的物种中展开探究,由于栽培稻花粉粒与普通野生稻花粉的形态极为相似,研究人员测试了这两个物种花粉孢粉素中的FLIM,以研究FLIM能否用于区分来自同一属的形态相似的花粉粒(图3A)。研究人员统计分析显示了栽培稻和普通野生稻之间荧光寿命的显著差异(图3B和C)。进一步分析了栽培普通小麦和野生二粒小麦之间花粉孢粉素的FLIM(图3D),统计分析也显示了普通小麦和野生二粒小麦荧光寿命的显著差异(图3E和G)。总之,这些结果表明孢粉素的荧光寿命是区分同一属中形态相似的花粉粒的有力工具

图3. 稻属和小麦属的野生稻和栽培稻孢粉素的 FLIM 有显著差异 (A)普通野生稻花粉的 3D 和最大横截面图像的自发荧光。比例尺=6.2µm。(B)栽培稻和普通野生稻的荧光衰减曲线。最大光子数被人为定义为 100%。(C)左:从O. sativaO. rufipogon收集的花粉散点图。左边的 y 轴显示了的寿命,右边的 y 轴显示了和的寿命;右图:对O. sativaO. rufipogon的三种荧光团的统计分析。方差分析表明,栽培稻和普通野生稻之间的差异显著(***,P < 0.001)。(D)栽培小麦和野生小麦的 3D 图像和最大横截面图像的自发荧光。比例尺分别为 8.75µm 和 7.3µm。(E)栽培小麦和野生小麦的荧光衰减曲线。最大光子数被人为定义为 100%。(F)由一至四个指数函数拟合的荧光团的和寿命。(G)左图:普通小麦和野生小麦花粉的荧光寿命散点图。左边的主要y轴显示和,右边的次要y轴显示;右图:普通小麦和野生小麦三种荧光团的统计分析。方差分析显示普通小麦和野生小麦之间的差异是显著的(***,P< 0.001)。

该项工作发展了一种研究花粉孢粉素的荧光寿命成像技术(FLIM)方法。这种分析可以在单个孢子/花粉颗粒上进行。在同一物种的花粉中,孢粉素的荧光寿命不受采集年份和地理种群的影响。进一步的分析表明,孢粉素的荧光寿命成像分析区分了相同科/属中形态相似的花粉,表明这是独立于孢粉素形态学研究的有力工具。目前的研究表明,孢粉素的荧光寿命成像与经典形态学和荧光光谱方法相结合,可以提供全面的信息来区分不同的孢子/花粉

杨仲南团队薛景石博士和毛礼米研究员为本文的通讯作者。上海师范大学生物科学(卓越创新班)本科生胡真真为论文的第一作者。本研究由国家自然科学基金(31900165)、中国科学院战略优先研究计划(XDB26000000)和古生物学与地层学国家重点实验室(20211103)的资助。





本文中使用了徕卡STELLARIS 8 共聚焦显微镜中的荧光寿命成像技术(FLIM)进行拍摄


STELLARIS 8 FALCON 克服了FLIM的速度限制,可实现快速荧光寿命对比成像,提供寿命数据。得益于TCSPC(时间相关单光子计数)技术和智能的数据处理和分析算法,您能够以适当的速度跟踪细胞的动态过程、跟踪微环境变化,选择多路信号的组分来确定 FRET 效率。


使用整合到 LAS X 采集与分析软件中的STELLARIS 8 FALCON,您可以将寿命信息整合到标准的共聚焦工作流程中。它既可以同时记录4个光谱通道,又可先后记录多达10个通道的荧光寿命成像;您能够在 3D 层扫、延时序列乃至大型拼接成像方式中获得荧光寿命信息——使用LAS X NAVIGATOR将观察区域扩大10,000倍,更快地识别感兴趣的区域。

《自然》网站上的应用指南: 

SP8 FALCON:荧光寿命成像的新概念,实现视频速率的共聚焦荧光寿命成像


原文链接:

https://doi.org/10.1016/j.revpalbo.2023.104946


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