2023-08-17 20:56:31, 沃特世 沃特世科技(上海)有限公司
使用高分辨质谱来研究中药、天然产物的小伙伴都知道数据库的重要性,有了有效的数据库,就离研究的目标物更近了一步。沃特世作为高分辨质谱的创新者,一直致力于与全球各知名高校合作,共同开发更多有意义的数据库,以惠及广大科研及工业界的工作者。
今天,小编就先介绍几个针对中药、天然产物的数据库,后续我们还会分享针对脂质、代谢、小分子筛查等的免费数据库,敬请关注!
01
免费数据库一:The Natural Product Atlas (NP Atlas) 天然产物图集
天然产物图集由来自世界各地的数据管理员组成的一个联盟创建,由加拿大温哥华西蒙弗雷泽大学的研究人员进行维护。天然产物图集涵盖了同行评审的主要科学文献中发表的所有微生物衍生的天然产物,包括来自细菌、真菌、蓝藻、地衣和蘑菇的化合物。现阶段可免费提供给沃特世用户使用。
主要特点:
此数据库包含文献中报道的25,500+微生物天然产物的结构信息;
通过Progenesis QI和UNIFI均可在数据库检索过程中生成理论碎片;
使用Progenesis QI可直接链接到NP Atlas进行搜索,还可对所识别的化合物进行进一步的查询,如聚类分析、节点分析、连接到GNPS;
通过UNIFI软件在在NP Atlas数据库中执行自定义搜索。这些搜索可以针对NP Atlas ID,或属、种或生物类型等;
包含正离子和负离子模式的数据。
图1. 含有迷迭香素的微生物天然产物萃取物的搜寻结果。
图2. 使用Progenesis QI链接到NP Atlas进一步识别化合物的关系节点。(左右滑动查看)
02
免费数据库二:Phytochemical Library from The University of Ottawa渥太华大学植物化学数据库
本数据库覆盖800多个广泛但多样的植物天然产物、衍生物和药物,包含来自主要生物合成群体的化合物、许多药理活性的生物碱、几类萜类化合物和酚类,以及一些次要的次生代谢物。此数据库适用于waters_connect/UNIFI平台。
以下为来自渥太华大学的致谢:
“感谢哥斯达黎加植物学家Luis Poveda、Pablo Sanchez和Marco Otarola以及合作者Rachel Mata、Rogelio Pereda、Jose Antonio Guerrero在墨西哥收集的热带植物中,Arnason和Durst实验室的成员从这些植物中分离出新的化合物,包括三萜、柠檬酮、胡椒酰胺、皂苷等。与Alain Cuerrier, Pierre Haddad和James Bay Cree First Nations合作,从植物中分离出其他化合物(萜烯,木质素,酚类物质)。我们广泛收集的生物碱是由NRC和加拿大卫生部捐赠的。许多酚类物质来自Constance Nozzolillo和Neil Towers的收藏。一些倍半萜内酯从LSU的Klaus Fischer和Purdue的Jerry Mclaughlin。其他化合物从商业上购买或从其他研究人员那里获得。谢谢大家!我们提供这些数据,希望能够为下一代研究人员提供帮助。”
03
免费数据库三:Botanical Library from The University of Mississippi密西西比大学植物学数据库
密西西比大学天然产物图书馆是一个持续更新的数据库,包含用于膳食补充剂和传统药物的植物中提取的天然产物。在当前版本中,该库包括来自四个属(Hoodia、Eleutherococcus、Matricaria和Huperzia)的约400个条目。所有条目都包含结构信息、原产植物以及相关的化学类别,如生物碱、黄酮类、类固醇和三萜类等。此数据库适用于waters_connect/UNIFI平台。
04
免费数据库四:Natural Product microbial library天然产物微生物数据库
天然产物微生物库包含与西蒙菲莎大学Roger Linington教授实验室合作策划的微生物源天然产物化合物,包括细菌、真菌和蓝藻化合物。该库的第一个版本包含439个化合物。库中每个化合物条目都包含结构信息、化学类别和来源微生物的信息。此数据库适用于waters_connect/UNIFI平台。
05
免费数据库五:Natural Products Profiling CCS Library天然产物分析CCS库
天然产物CCS库包含399个正离子模式下的碰撞截面(CCS)测量和299个负离子模式下的CCS测量。这些条目属于各种化合物类别,包括生物碱、香豆素、黄酮、异黄酮、大环内酯、肽类、合成衍生物和萜类化合物。此数据库为实际测定的数据库,通过测定绿茶提取物及其中标准添加的两个不同浓度的标准品,以获得母离子和子离子精确质量数及准确的CCS值。使用这种特异性更高的数据库筛查,结果更可靠,是新手高分辨质谱使用者学习筛查方案时很好的使用起点。查看此应用纪要可更清晰地了解如何使用此数据库进行筛查方案的学习(其中包含具体的LC-MS方法、色谱柱、标准品、数据库及筛查流程等)。此数据库适用于waters_connect/UNIFI平台。
06
数据库六:Waters Traditional Medicine Library 2.0中药数据库2.0(收费数据库,限时优惠,升级中)
今年6月份新更新的中药数据库2.0版,不仅包含了2020版《中国药典》中所列所有草药以及与这些草药相关的几千种化合物信息,还把中药天然化合物的数量扩展到了17,000余种。中药数据库的基本架构使每种化合物与其植物来源互相链接。库中包含很多细节,比如植物名称和化合物信息(如化学结构、分子式、具有精确质量的平均分子量及单一同位素分子量和来自于离子淌度技术的碰撞横截面积值(CCS))。沃特世2023最新版中药天然产物数据库能够完美嵌合沃特世中药天然产物解决方案,带来智能化的工作流程,高效实现中药组分表征。
新版中药数据库特点:
包含全部《中国药典》2020版收录药味;
中药经典名方100首中涉及的药味;
细化整合550多种草药和17,000多个化合物信息;
包含科学预测的CCS值;
科学的数据库构架(基于药味关联化合物信息)。
注:此新版数据库为收费软件,货号为:667006896 ;限时优惠中,可直接订购。针对已有老版数据库的客户,如您是waters_connect软件,在维保服务期内,可免费进行升级!
敲黑板:这些免费数据库如何下载?
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