850K突破性升级！935K甲基化芯片重磅来袭

2023-05-30 15:30:53, 欧易生物上海欧易生物医学科技有限公司

检测DNA甲基化，精确到单碱基分辨率的高通量方式，物种是人，样本不限，可能是FFPE样本，也可能是检测血液中cfDNA，甲基化芯片是最方便、性价比最高的粗筛方式。

从450K，到850K，再到如今的935K甲基化芯片，可检测的甲基化位点也在不断地增多，那么相较于之前的产品，935K有了什么新的变化？

935K甲基化芯片官方名称为Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip Kit，是一种全基因组甲基化筛选工具，靶向人类甲基化组最具生物学意义的区域中超过935,000个CpG位点，同时在其前代产品MethylationEPIC v1.0（850K甲基化芯片）的基础上极大的提高了向后兼容性。该芯片保留了以单核苷酸分辨率定量分析全基因组CpG的能力，同时提供高度准确和精确的甲基化测量，不受测序深度的影响。

与旧版芯片相比935K具有更好的向后兼容性

——Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip建立在Infinium MethylationEPIC v1.0和HumanMethylation450 BeadChips的现有CpG主链上

作为另一项改进，Infinium MethylationEPIC v1.0 BeadChip上覆盖不足的CpG岛和外显子被额外的探针完全覆盖。此外，在新版本中查询到超过450个癌症驱动基因突变，这使得Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip成为癌症研究的多组学工具。

✦

全基因组，前沿内容

根据专家对EPIC v1.0的评估，去除了性能不佳的探针，替换为前沿内容，以便为表观遗传学研究提供更强大的发现能力。EPIC v2.0上新增的186,000个CpG靶向增强子和超级增强子、更多CTCF结合位点、CNV检测区域、EPIC v1.0覆盖不足的CpG岛以及常见癌症驱动突变。更新后的v2.0 Beadchip也可分析通过ATAC-Seq和ChIP-seq实验鉴定的染色质开放区域。

具体体现：

•在多种癌症的肿瘤和正常样本中发现的不同甲基化位点

•ChIP-Seq在癌症和细胞系样本中识别的增强子和超增强子

•使用ATAC-Seq在原发性人类癌症中识别的不同可访问染色质区域

•扩大CpG岛的覆盖范围

•增强外显子覆盖范围，以实现更准确的拷贝数变化（CNV）检测

•常见癌症驱动基因突变

✦

值得信赖的技术

Illumina Methylation BeadChip支持表观遗传学领域的突破性研究已有十余年，迄今为止大多数已发表的全表观基因组关联研究（EWAS）都是利用MethylationEPIC或其前代产品HumanMethylation450完成的。因此，研究人员可受益于诸如Gene Expression Omnibus（GEO）或癌症基因组图谱计划（TCGA）数据库中公开的大量甲基化芯片数据。

✦

兼容多种样本类型，包括FFPE

Infinium甲基化检测的可靠性有助于从FFPE组织样本获得高质量数据。FFPE兼容性对于癌症研究极为重要，能够支持以大型肿瘤生物样本库为基础的研究。Infinium检测同样兼容新鲜/冷冻组织、全血、口腔细胞、cfDNA、唾液和其他样本类型。

✦

欧易为935K甲基化芯片提供的分析：