欧易才子力荐：甘蔗无参全长转录组思路解读

sugarcane(甘蔗)多倍体无参考基因组

取材：取自根、茎、叶不同的生长阶段具有22个特性的混合样本

测序平台：Pacbio RS II 与Illumina

取材：取自根、茎、叶不同的生长阶段具有22个特性的混合样本

二代文库：插入片段200bp

结论：总共获得107,598条unique transcript isoforms，呈现了约71%的unigene,其中约有92%可比对到已知植物蛋白库。约有2%的新转录本以及约2%的LncRNA。分别有56%和23%的序列可注释到GO和KEGG数据库。相同条件比较三代和二代转录本，其中有62%的三代转录本匹配到67%的二代拼接转录本。与高粱基因组比对，分布有69%的三代转录本和41%的转录本比对率。

分析内容简述：

结果与分析方法解读

2.关于完成性评估内容

之前的数据完整性评估是基于CEGMA（http://korflab.ucdavis.edu/datasets/cegma/）标准的，但是由于该项目早在2015年5月18号就已经停止更新了，而且该项目主页在分析过程中也推荐使用BUSCO（http://busco.ezlab.org）数据库标准。因此还没有对此更新的小伙伴们抓紧了。

5.关于三代全长转录组测序除了在RNAseq测序方面的应用还有那些：

在做基因组denovo的时候，基因预测往往是一个很大的难题，无论是基于

参考基因组训练模型进行基因预测的denovo方法，还是基于蛋白质同源比对的同源比对方法，都没有基于RNAseq的转录组数据预测方法来的更直接和准确。三代全长转录组测序由于免去了组装这一步骤，因此在经过后期的数据处理和矫正后，得到往往就是真实的转录本。常规情况下，我们在做基因预测时，基于denovo方法占的权重是1，同源比对所占比例为5，而转录组数据所占比例却为10，其重要性一目了然。最后送上小编送上欧易生物独有的基因组预测注释分析流程图。