IF14.919｜复旦大学/北京大学/巴斯德所单细胞测序揭示肝内胆管癌的两种分子亚型

肝内胆管癌（iCCA）是仅次于肝细胞癌的常见的原发性肝脏恶性肿瘤，预后不佳，全球发病率上升。作为一种高度异质性的疾病，iCCA可以起源于位于二阶胆管以上胆道树的任何一点的胆管细胞。根据受影响的胆管的水平或大小，iCCA可以被分为两个主要的组织学上不同的亚型，包括肝周边大管型（iCCAphl）和肝周边小管型（iCCApps）。事实上，新出现的证据表明，这两种组织学上的iCCA亚型蕴含着不同的细胞起源和发病机制。

尽管这两种亚型的iCCA在粘蛋白的产生、肿瘤细胞的形状和病人的预后方面显示出明显的差异，但没有共识和明确的标记物来区分它们，而且我们对它们的生物学、分子学和治疗的差异的认识仍然有限。单细胞RNA测序（scRNA-seq）是一种强大的癌症研究技术。以前的scRNA-seq研究报告了iCCAs中肿瘤微环境的复杂性，但没有考虑到组织学分类，这可能无法准确反映这种肿瘤的多样性。本研究旨在利用单细胞技术进一步探索明确iCCAs的分子亚型。

复旦大学樊嘉/高强老师团队、巴斯德所张晓明老师团队、北京大学席瑞斌老师团队联合在Nature Communications（IF=14.919）杂志上发表了题为“Single-cell transcriptomic analysis suggests two molecularly distinct subtypes of intrahepatic cholangiocarcinoma”的文章。

在这项研究中，研究团队对14对iCCA肿瘤和非肿瘤肝组织单细胞RNA测序，发现S100P和SPP1是iCCA周围大管型（iCCAphl）和周围小管型（iCCApps）的两个标志物，扩展了对iCCA中肿瘤细胞多样性的理解。

结果：该研究通过对14对iCCA肿瘤和非肿瘤肝组织进行单细胞RNA测序和WES检测，对201个iCCA样本进行了免疫组化验证，两个公共数据库共193个样本的数据分析，以及对Si-CREB3L1和Si-Ctl 的 HuCCT1 细胞进行了RNA-seq分析；单细胞测序共捕获144,878个细胞，发现S100P和SPP1是iCCA周围大管型（iCCAphl）和周围小管型（iCCApps）的两个标志物。与S100P-SPP1+iCCAphl相比，S100P+SPP1-iCCAphl的浸润性CD4+T细胞、CD56+NK细胞水平明显降低，CCL18+巨噬细胞和PD1+CD8+T细胞增加。转录因子CREB3L1具有调节S100P的表达并促进肿瘤细胞侵袭的作用。S100P-SPP1 + iCCApps比S100P+SPP1-iCCAphl有更多的SPP1+巨噬细胞浸润，侵略性更小，生存率更高。此外，S100P-SPP1+iCCApps含有不同分化状态的肿瘤细胞，如ALB+肝细胞分化和ID3+干性。

结论：该研究进一步确定了iCCA的两种类型，并独立验证了SPP1与S100P是iCCAphl和iCCApps的最佳分子标志物。与S100P-SPP1+iCCApps相比，S100P+SPP1-iCCAphl的CCL18+巨噬细胞浸润增加，SPP1+巨噬细胞减少，表型具有侵略性，预后较差。该研究数据进一步加深了对iCCA中肿瘤细胞多样性的理解。