用户测评 | IDT埃德特xGen人全外显子V2 Panel在MGISEQ-2000平台上实测数据展示

2022-03-01 00:59:20, 关注我们→ 深圳华大智造科技有限公司



随着国内医疗设备国产化政策的迅速推进,华大智造采用DNBSEQTM核心技术推出了多款不同规格的测序仪和自动化产品以满足不同用户的需求。其中,MGISEQ-2000作为全面、灵活的大中型基因组测序平台,因其卓越的性能表现和超高性价比的优势,被广泛应用于无创产前检测、重症感染鉴定、单基因遗传病筛查或诊断、癌症个体化治疗等临床领域。


人类外显子组占全基因组的比例不到2%,却包含了约85%的已知的与疾病相关的基因变异。全外显子组测序作为应用最为广泛的大规模平行测序技术之一,被应用于遗传病研究和筛查、肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定(MSI)以及拷贝数变异(CNV)等分析。本期将给大家展示IDT埃德特xGen人全外显子V2在MGISEQ-2000平台上的测评数据。


测评方案


测评结果


01

出色的性能指标


实测数据显示,V2在MGISEQ-2000平台上无论是在单杂还是多杂情况下均表现出优异的比对率(Reads mapping rate),各文库的比对率均超过99.8%(图3A),数据冗余率(Duplication rate)浮动范围在4%-5%左右(图3B)。测评数据表明V2在MGISEQ-2000测序平台上可以稳定获得高质量的测序数据,且测序结果具有低重复率特性,在高深度测序的应用场景下可以大大提升有效数据利用率。


在本次实测中,V2无论是在单杂还是多杂情况下,均可以达到出色的捕获效率:如图3C所示,在样本混合程度较低时,重复实验的数据表现稳定;在样本混合程度较高时,则保持了与单杂相当的捕获效率。在保证数据性能的同时,极大地降低了杂交捕获实验的成本。


图3A

图3B

图3C

图3:V2在不同样本混合情况下的数据表现。(A)捕获数据比对率;(B)捕获数据的数据冗余率;(C)捕获效率。


02

优异的覆盖均一度


xGen Hyb探针采用全新的“捕获感知”(capture-aware)设计算法,在经典的IDT埃德特 V1版本全外显子探针基础上,V2在目标区域覆盖度方面更进一步。测评结果显示,在MGISEQ-2000平台上,V2无论是在单杂还是12-plex杂交时的0.2X平均覆盖度均达到了98%以上,在12-plex杂交的情况下也能保持和单杂相当的覆盖均一度(图4A)。


03

高效的数据利用率


基于IDT多年的探针设计经验的积累,V2在1-plex、4-plex、8-plex、12-plex杂交时靶区域深度平均可达到12.3x/Gb这一高效的数据利用率,在12个文库混样杂交时甚至可以达到13.4X/Gb的高效数据利用(此时平均测序深度约为110X)(图4B)。在高通量样本处理时,通过多杂的实验方案可以显著降低手动操作的复杂性,减少实验出错的可能;结合中靶效率,覆盖均一度和数据利用率这些参数进行综合评估,V2在保证数据性能高质和稳定的前提下降低了试剂成本。

图4A

图4B

图4:在不同的样本混合程度下V2的覆盖均一度和数据利用率。(A)无论在单杂还是12杂时,V2 0.2X平均覆盖度都达到了98%以上;(B)在12杂时,V2实现了高达13.4X/Gb的高效数据利用率。

04

一致的变异检出率

单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失(Indel)是基因组变异的常见来源,也是引起人类疾病的重要原因。对标准品NA12878样本的变异位点(SNP和Indel)的检出情况进行分析,比对预期的变异数量,V2实际的变异检出情况与预期高度一致,即便在12杂的实验条件下,V2对SNV检测的灵敏度达到了99%,对Indel检测的灵敏度也接近90%(图5)。表明V2对SNV和Indel位点的检出准确可靠。


图5:V2在MGISEQ-2000测序平台上可实现可靠的变异检测。


测评总结


以上为本次IDT埃德特xGen人全外显子V2在MGISEQ-2000平台上的实测结果展示。MGISEQ-2000平台的测试结果表明,xGen人全外显子V2无论是单杂还是多杂,在捕获效率、覆盖均一度、数据利用率以及变异检出准确度均展现出稳定且优异的性能。MGISEQ-2000基于DNBSEQTM专利技术,可以稳定获得高质量的测序数据,测序结果具有低重复率特性,在需要高深度测序的应用场景下可以大大降低测序数据量,降低测序成本。本测评实验使用了华大智造的MGISP-100自动化建库平台,可一次性完成最多16个样本自动化建库,相比手工建库,自动化建库效率更高,数据表现更稳定,为后续杂交捕获实验提供了高度均一的文库。


IDT埃德特未来与华大智造将进一步发挥各自的优势,在MGISEQ-2000以及DNBSEQ-T7等平台开发出更多优秀的产品,为客户提供从文库构建、靶向捕获、上机测序到生信分析的全流程产品。


IDT埃德特xGen人全外显子V2产品介绍:
IDT埃德特xGen人全外显子V2415,115条单独合成单独质检的的5''生物素修饰的寡核苷酸探针组成。探针组跨越人基因组的34Mb目标区域(19,433个基因),并且覆盖39Mb的探针空间(即由探针覆盖的基因组区域)。探针组中的所有探针均严格按照ISO13485标准进行生产。探针使用全新的捕获感知capture-aware)算法进行设计,并进行了专有的脱靶分析,确保在保证高中靶率的同时实现理想的目标覆盖度。在生产上,IDT埃德特xGen人全外显子V2含有的每条探针均经过质谱法(电喷雾电离质谱,ESI-MS)和双重定量测量检验,确保每条探针的核苷酸序列准确,并在探针库中具有符合预期的代表性。在设计上,V2的区域设计使用了更新更准确的全外显子参考基因组信息,并且搭配了IDT专有的生物信息学设计工具,以便实现更均一,完整性更好的区域覆盖。IDT埃德特xGen人全外显子V2适配灵活的多个样本混合策略(从112杂),通过始终如一的深度覆盖,以更低的测序成本提供更为优质的测序数据,助力人类疾病的机理研究。
关于IDT埃德特:
Integrated DNA Technologies, Inc. (IDT) 埃德特是丹纳赫集团(Danaher Corporation,纽约证交所代码:DHR)生命科学平台旗下的一家运营公司。IDT致力于面向生命科学界开发、生产并销售核酸产品,为学术与商业研究、农业、医疗诊断和药物开发等领域提供支持。IDT 开发了多项针对基因组应用的专利技术,涵盖二代测序、CRISPR 基因组编辑、合成生物学、数字 PCR 以及 RNA 干扰。通过GMP服务,IDT生产的产品被科学家用于研究多种形式的癌症以及各类遗传性和传染性疾病。作为定制核酸生产领域的优秀厂商,IDT 为超过 130,000 名生命科学研究人员提供服务。IDT 创立于 1987 年,其生产总部位于美国爱荷华州科勒尔维尔,并在美国加利福尼亚州圣地亚哥、美国北卡罗来纳州三角研究园、比利时鲁汶以及新加坡等地设有生产工厂。更多信息,请关注 “IDT埃德特”微信公众号或访问 www.idtdna.com。


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