FFPE样本制备及DNA提取知多少

近年来，肿瘤的发病率逐年升高。随着个体化医疗的兴起，利用FFPE样本中肿瘤细胞的核酸信息进行个体化用药指导及愈后评估也逐渐受到重视，而利用石蜡包埋 （Formaldehyde Fixed and Paraffin Embedded, FFPE）组织样本进行肿瘤活检一直是肿瘤诊断最传统且经典的方法之一。下来就让小编为大家介绍一下FFPE样本制备及其DNA提取的相关知识吧。

1.石蜡包埋（FFPE）样本制备

从石蜡包埋（FFPE）组织样本中获得的核酸质量与样本种类、样本的固定和包埋质量密切相关。

（1）样本种类

不同组织样本在脱离活体后，其生物分子降解的速度不同。同一个组织样本中不同切片的分析结果也可能不同，因为健康细胞和肿瘤细胞并非均匀分布，且肿瘤本身存在异质性。因此，组织切除和固定操作应尽快完成，并且取样时尽量多点采样。

（2）样本固定及包埋

将切取的组织样本放置于福尔马林溶液中进行固定，其中福尔马林和组织的体积比至少为10:1。应尽量使用中性的福尔马林缓冲液，以防止其降解损坏核酸的质量。样本固定过程中产生的化学反应会导致核酸之间及核酸和蛋白之间的交联，交联程度与固定时间有关，一般不应超过24小时。固定不足，会导致核酸降解；过度固定，又会使核酸和蛋白的提取困难。

组织样本固定后，需将其包埋在石蜡中，具体过程又依次分为脱水、透明、浸蜡和包埋。为了避免样本中生物分子的降解，应当使用熔解温度低的石蜡，且浸蜡之前必须保证完全脱水，因为残留的水分也会导致样本降解。

2.石蜡包埋（FFPE）样本基因组DNA提取

（1）组织脱蜡

由于FFPE组织样本已被石蜡浸泡包裹，若从中获取组织基因组DNA，首先需将组织表面包附的石蜡去除，即组织脱蜡。传统的脱蜡剂为二甲苯，属于有毒类化学物质，气味刺激性强。人在短时间内吸入高浓度的二甲苯，会出现中枢神经麻醉的症状，轻者头晕、恶心、胸闷等，严重者会出现昏迷，甚至因呼吸循环衰竭而死亡。

天隆科技独家研制的TL脱蜡剂（货号T164），其主要成分为天然植物萃取物，无毒、环保、气味清新，且其脱蜡效果优于传统脱蜡剂二甲苯。

（2）DNA分子逆交联

由于FFPE样本内的DNA分子间、DNA分子与RNA分子之间及DNA与蛋白质之间均发生了交联反应，因此须将分子间的交联破坏，才能释放出DNA分子，即逆交联反应。

天隆石蜡包埋（FFPE）组织基因组DNA提取试剂盒（磁珠法/离心柱法）提供了一个破坏生物分子间交联的有效方法，即样本在蛋白消化液和蛋白酶 K的溶液中60℃处理1小时后，再置于90℃水浴1小时。

备注：在破坏DNA和蛋白质的交联时，剧烈的反应条件（如混匀）易导致DNA的片段化，因此在90℃水浴时切勿将组织样本振荡混匀。

（3）DNA自动化提取

逆交联后的组织样本利用天隆科技自主研发的石蜡包埋组织（FFPE）基因组DNA（磁珠法）提取试剂盒（货号T161/ T162/T163），匹配天隆全自动（磁珠法）核酸提取仪进行自动化提取，得到的纯化核酸可应用于PCR、基因突变分析、基因测序、基因甲基化检测等后续实验。

天隆FFPE基因组DNA（磁珠法）提取试剂盒

产品特点

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高灵敏度：

可提取低浓度样本，得率高达90%；

高 纯 度：

OD260/280约1.7-1.9；OD260/230＞1.8；

无毒环保：

无需二甲苯脱蜡处理，使用我司独家研制的无毒脱蜡剂；

包装形式多样：

拥有磁珠法单条预封装和整板预封装试剂及柱膜法试剂等种类，可满足客户不同需求，减少试剂浪费；

自 动 化：

搭配天隆核酸提取仪，可实现全程自动化，能减少人工操作引起的实验误差，结果稳定，重复性好；

高通量：

能同时进行1-32个样本的提取，工作效率高。