2021-02-22 11:28:58, Dr.W 上海吉凯基因医学科技股份有限公司
常常听到临床的老师抱怨:我每天要上门诊,要做手术,要写病例……木有时间做实验啊!!怎么样才能发paper呢?
今天Dr.W就来给各位临床的老师发福利了。不想做基础实验又要发paper的老师,也许biomarker是一条不错的路径噢。
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下面我们就来看看阿尔兹海默症研究怎么走biomarker这条研究思路。
1. 基础篇
IF=2.66
问题:
硒(Se)缺乏导致抗氧化系统失效被认为与阿尔茨海默病(AD)的发病机制有关;补充硒(Se)可以恢复抗氧化系统,并补偿由AD引起的损伤,那么补充硒会怎样影响AD小鼠的内皮质蛋白质组变化?
方法:
找3组老鼠的样本:(1)WT野生型小鼠;(2)AD 小鼠 (3 x Tg-AD) ;(3)AD小鼠补充硒酸盐(3 x Tg-ADSe),每组6个样本,取脑组织皮质层,iTRAQ定量蛋白质组学技术检测。
通过生物信息学分析发现,与野生型小鼠相比,AD小鼠皮质中发现了96种下调蛋白和46种上调蛋白。在用硒酸钠处理时,41种蛋白质表现出反向表达,33个蛋白质在AD小鼠中下调但在硒酸盐处理的AD小鼠中上调,而AD小鼠中的8种上调蛋白质在硒酸盐处理的小鼠中表达较低。
之后,作者挑了5个比较关键的蛋白进行WB验证。
总结:
动物样本+蛋白质组学+WB验证,一篇2.66分的论文就是这么简单!
2.进阶篇
IF=5.414
问题:
AD的一个特征是Aβ蛋白在脑中各个部位沉积成实质性的斑块,如果在脑膜血管沉积就叫脑淀粉样血管病(CAA), CAA的发病机制不明,没有特异性相关的蛋白标记物。
方法:
取三组样本:(1)AD病人,脑实质中有淀粉样沉积,无血管相关的淀粉样蛋白-15例;(2)AD病人,严重的CAA1型,但是没有或者只有少量脑实质淀粉样沉积-13例;(3)没有淀粉样沉积的认知健康人-15例。取脑组织,显微切割获得皮层II至VI,定量蛋白质组学检测。
结果:
生信分析找到了29个候选蛋白,然后再用质谱在样本中验证了这29种蛋白(整个文章甚至都没有秀一张生信分析的那种常常闪瞎我们双眼的图,好低调,直接就说得到了29种候选蛋白)
根据质谱验证29个蛋白的结果,最后挑了4个蛋白进行WB和免疫组化验证,发现NDP和COL6A2这两个蛋白为高选择性标记物,其明显存在于CAA中。
总结:
临床样本+蛋白质组学+WB/IHC验证
3. 高级篇
IF=9.504
问题:
阿尔茨海默病(AD)的潜在发病机理不清楚,AD中异常聚集的蛋白质的情况不明。
方法:
LC-MS/MS定量蛋白质组学技术:(1)AD病人-10例;(2)非痴呆的其它神经退行性疾病病人-10例;每组10例,脑皮质层组织用于蛋白质组学。
RNA-seq:Emory University (4个对照和5个AD病例)和University of Kentucky (3个对照和3个AD),两个脑库中的两个独立样本组进行了额叶皮质RNA的深度RNA-seq
结果:
蛋白质组学检测发现了U1 snRNP的两个亚基(U1-70K和U1A)在AD蛋白质组中高度升高,而U1 snRNP是负责RNA加工的剪接体复合物的组成部分,所以研究者猜想是不是AD和RNA剪接有关,进而又进行了深度RNA-seqs。
WB和IHC验证了U1 snRNP在AD中的表达情况。
验证U1 snRNP下调对经典AD蛋白Aβ40和APP表达的影响。
总结:
多中心临床样本+多组学(蛋白组/转录组)+WB/IHC验证+简单功能验证
老师们有没有从上面的文章中看出点什么门道?只要手头有样本,然后利用这些样本做点高通量组学,比如转录组,蛋白组,代谢组等,然后找到一些阳性基因,蛋白或代谢物在样本上验证一下,基本就可以愉快的去发paper了,老板再也不用担心我没有时间做实验了!
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