【盘点】近期蛋白质研究进展

2020-04-13 09:16:32 上海中科新生命生物科技有限公司

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1、Oncotarget：重磅！科学家鉴别出肝癌的天然抑制蛋白

日前，一项刊登在国际杂志Oncotarget上的研究报告中，来自奥古斯塔大学的研究人员通过研究发现，一种能够帮助细胞进行有序组织并且完成任务的关键蛋白或许是预防肝癌的一种肿瘤抑制子。这种名为Scrib的蛋白质会根据癌症类型作为肿瘤抑制蛋白和癌基因而出现，在肝癌中该蛋白往往会从细胞的保护外层迁移进入细胞内部发挥作用，一旦进入细胞内部，该蛋白的表达就会增加，同时还会抑制三种促进肝癌发生的癌基因进行表达。

更有意思的是，研究者还发现，在其它某些类型的癌症中，Scrib蛋白的运动以及其表达量的增加是其促进癌症发生的标志。下一步研究人员将通过更为深入的研究来阐明Scrib作为肝癌抑制蛋白的重要性，目前研究人员发现在30例所研究的人类肝脏肿瘤中，有70%的肿瘤中Scrib蛋白的表达都会增加，而在不同癌症中，该蛋白似乎扮演着不同的角色，比如，低水平的Scrib似乎能够减缓淋巴瘤发生的开端，但同时研究者在结肠癌、前列腺癌以及乳腺癌中也发现了低水平的Scrib蛋白，在这些癌症中，Scrib能够移动到细胞质中促进癌症发展，当然这至少是在动物模型中的研究结果。

参考文献：Scrib protein identified as a natural suppressor of liver cancer

2、Nat Biotech：中国学者建立国际首个一站式蛋白质组数据分析云系统Firmiana

5月9日，国家蛋白质科学中心（北京）秦钧教授课题组、华东师范大学石铁流教授课题组、复旦大学丁琛教授课题组联合在Nature Biotechnology杂志上发表了题为“Firmiana: towards a one-stop proteomic cloud platform for data processing and analysis”的文章，建立国际首个一站式蛋白质组数据分析云系统Firmiana（梧桐树），大大方便了无生物信息学基础的科研人员也可以无障碍的使用。

Firmiana支持包括来自Thermo，AB Sciex，Agilent等不同厂商的质谱原始数据格式，整合了多种现有的蛋白质组学分析工具(ProteoWizard，Mascot，X!Tandem，InterProphet等等)，开发了多种定量和质量控制算法，并提供了多种生物信息学分析（聚类分析，差异蛋白分析，通路富集分析等）以及数据挖掘功能。为了验证Firmiana平台数据处理的能力，研究人员测试了1.5TB（约2000个原始文件）的数据集，进行了全局质量控制并在短内完成处理。Firmiana平台所提供的数十种在线的生物信息学工具有很好的兼容性、持续可开发性和易用性，无生物信息学基础的科研人员也可以无障碍的使用。截止到2017年5月10日，Firmiana已存储并处理了来自十一个物种的3282份实验的数据。

为了进一步提升Firmiana的数据存储、数据处理、知识挖掘能力，在目前推出的Firmiana 1.0版本基础上，研究人员正将Firmiana移植到超算系统上（Firmiana 1.5）。经测试，在超算系统上运行的Frmiana可提升两百倍的分析速度。科研人员分别在北京和上海的超算上建立了主站和镜像备份系统，确保数据的安全和高效分析。

参考文献：Firmiana: towards a one-stop proteomic cloud platform for data processing and analysis

3、AAC：来自蜱身上的特殊蛋白或有望治疗超级细菌感染？

日前，一项发表在国际杂志Antimicrobial Agents and Chemotherapy上的研究报告中，来自耶鲁大学医学院的研究人员通过研究发现，一种来自于蜱身上的特殊蛋白或能有效增强抗生素疗法治疗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）感染的效力；同时将这种特殊蛋白同当前疗法相结合未来或许能够帮助科学家治疗MRSA以及其它葡萄球菌引发的机体感染。

这项研究中，研究人员鉴别出了一种蜱蛋白IAFGP，其能够改变细菌生物被膜的结构，研究人员将这种蛋白同当前治疗MRSA感染的抗生素（三种不同的抗生素）相结合开发出了一种新型联合疗法。当研究人员在培养液、MRSA感染的小鼠以及果蝇中进行试验后，他们发现，新型的联合疗法能够有效改善抗生素抵御细菌感染的作用效果。

参考文献： A tick antivirulence protein potentiates antibiotics against Staphylococcus aureus.

4、European Urology：疟原虫体内的神奇蛋白竟可对抗100多种癌细胞

疟原虫也能治癌症了？前几天，知名杂志European Urology上刊登了一篇文章，研究人员从疟原虫体内分离出一种称为VAR2CSA的蛋白质，通过对VAR2SCA进行结构改造添加细胞毒性药物，研究人员发现，这种疟疾蛋白质药物组合显著延长了对顺铂化疗完全耐药的高度侵袭性膀胱癌小鼠的生存期。接受治疗的动物80%在70天之后仍旧存活，而在三个不同的对照组的其他动物全部死于膀胱癌。