Nature Commun: 厦门大学单抗测序全新技术赋能生物医药研发

2026-03-25 15:39:18, omicsolution 上海易算生物科技有限公司

单抗从头测序，长期以来被三大痛点困扰：样本需求量大、测序准确率不足、复杂样本（如抗体混合物）难以解析，且传统方法流程繁琐、成本高昂，严重制约了研发效率。

近日，厦门大学熊悦婷工程师、俞容山教授、夏宁邵院士、袁权教授等团队在《Nature Communications》发表突破性技术“XA-Novo: high-throughput mass spectrometry-based de novo sequencing technology for monoclonal antibodies and antibody mixtures”，首次推出了全新的单抗从头测序解决方案——XA-Novo平台，彻底打破了行业瓶颈！更可喜的是，我司已和厦大团队达成项目流程转化，可直接为科研机构、生物医药企业提供测序服务，助力加速单抗研发进程。

下面我们就深度解读这项突破性研究，带你看清XA-Novo技术的核心优势，为生物医药领域提供高效、精准、低成本的单抗测序解决方案。

一、全流程突破：XA-Novo平台

XA-Novo集成了“创新SP-MEGD样本制备方法、LC-MS/MS双碎裂检测+Casanovo深度学习肽段测序、Fusion智能组装器”的全链条解决方案，经过严格的实验验证，该方案在样本需求量、测序准确率、复杂样本处理能力上，均实现了跨越式提升。

样本制备革新：SP-MEGD方法，50μg蛋白100%精准测序

团队采用易算生物的micro蛋白质样品前处理试剂盒结合易算定制的特异性蛋白消化酶，设计了SP-MEGD（单管多酶梯度消化）搭配五种蛋白酶的梯度消化，有效解决了传统单一蛋白酶消化覆盖不全面、肽段碎片化严重的问题。仅需50μg珍贵样本即可完成测序，全序列准确率更是实现100%；在低至25μg下，重链覆盖率~100%，轻链~99.5%，远优于进口商业试剂盒。

精准测序升级：深度学习+双碎裂模式，获取“三高”peptide reads

XA-Novo整合了Casanovo深度学习模型（超210万谱图训练，氨基酸精度~80%）与 LC-MS/MS双碎裂技术（HCD+EThcD），可稳定输出高丰度、高精度、高多样性的肽段序列，为下游 Fusion算法精准解析异构氨基酸、全长抗体高保真组装提供关键支撑。

组装能力突破：Fusion智能拼接算法，实现100%精准重建

自主研发的Fusion组装器实现了两大突破：1. 自动识别CDR边界、推断序列长度，实现100%全序列精准组装；2. 整合casanovo捕获的w离子证据，结合束搜索策略，精准区分亮氨酸/异亮氨酸。有效解决传统分析软件组装片段缺失、错误插入或错配，以及异构体区分能力差等问题。

二、XA-Novo vs 传统方法，具体优势如何？看数据说话

样本需求少，组装准确率高

即使在50μg S2P6样本量下，全序列准确率也能达到100%。

轻松解析抗体混合物，突破传统局限

传统单抗测序方法，仅能处理单一抗体样本。

XA-Novo平台实验验证显示，无论是2种人源COVID-19中和抗体的混合物，还是3种鼠源抗体的混合物，CDR区域均为100%准确，全序列准确率可达99.54%以上。这一能力，为抗体组合筛选、抗体库分析提供了高效解决方案。

未知抗体应用：成功解析序列并功能验证

用XA-Novo解析6种未知序列的免疫治疗抗体(包括抗 CD4、CD8α、CSF1R 等)，并成功克隆表达，在动物模型中验证了功能。最值得注意的是，在抗 CSF1R 抗体中，Fusion能正确识别出亮氨酸（125 Leu），而传统peaks工具识别为异亮氨酸（125 Ile），这种精准解析，使在脾脏中表现出更强的巨噬细胞清除效率，从（125I）：40.94%提升至（125L）：65.50%。

用户友好型网络工具：https://xa-novo.com/

无需复杂的配置或专门的硬件要求，研究人员可向 XA-Novo 平台提供抗体测序质谱数据（（.mgf格式））以及物种信息，即可完成从肽段识别到全长抗体组装，并生成带CDR注释的完整报告。

三、服务升级：基于XA-Novo，一站式单抗测序服务

该研究已充分验证了XA-Novo平台的可靠性和实用性，而我司已于厦大团队达成合作，将这套技术流程实现服务流程转化。

我们可提供从样本接收、样本制备、质谱检测、肽段测序、序列组装，到合成表达、及活性验证的全链条服务，具体包括：

三大技术服务方式

1.基于客户提供的质谱原始数据进行抗体序列解析，输出完整的重链、轻链序列，标注CDR区域；
2.基于客户提供的抗体样品进行质谱前处理及抗体序列解析，输出完整的重链、轻链序列，标注CDR区域；
3.基于客户提供的抗体样品进行质谱前处理、抗体序列解析、合成表达、及活性验证等，输出完整的重链、轻链序列，标注CDR区域，以及活性验证剩余的抗体样品（~1mg）。