18S rDNA是编码真核生物核糖体小亚基rRNA(18SrRNA)的DNA序列,序列中既有保守区又有可变区,保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系,而高变序列区域则能体现物种间的差异。由于18S rDNA在进化速率上比较保守,因此在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。内转录间隔区ITS位于核糖体rDNA 18S、5.8S及28S之间,由于不需要加入成熟核糖体,因此在进化过程中能够承受更多的变异,其进化速率为18S rDNA的10倍,属于中度保守的区域,利用它可研究种及种以下的分类阶元。另外,也可通过选择引物同时扩增18 S rDNA和ITS,通过分析18 S rDNA序列,先在较高级别上确定样品的归属,然后根据ITS 序列,将真菌归类到种或亚种水平。