SNP(single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态,已广泛用于群体遗传学研究和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中发挥着重要作用。
一、直接测序法
在SNP的检测方法中,通过PCR扩增后直接测序是十分有效的方法,被公认为是SNP检测的“金标准”。在测序峰图中,纯合型SNP的测序峰为单一峰型,而杂合型的为双峰,所以非常容易区分。采用这种方法,SNP检出率接近100%。
A/T 转换为G/C的SNP图
A/A纯合SNP型
A/G杂合SNP型
G/G纯合SNP型
技术特点
1. 原理简单,容易掌握,适合短基因片段的SNP筛查。
2. 检出率接近100%。
3. 可以发现新的SNP位点(discovery)。
二、荧光定量探针法
荧光定量探针法通过设计两条分别针对野生型和突变型的Taqman-MGB探针进行SNP位点的检测。Taqman-MGB探针能有效地检测单碱基突变,可用于大规模的SNP筛选。
技术特点
1. 适合位点数少,样品通量高的检测(每个位点需要合成两条探针,探针合成费用高)。
2. 应用ABI7500定量PCR仪进行定量检测。
3. 可采用ABI合成的探针或国产探针
4. 操作简便,只需一步 PCR反应,无须进行纯化和预处理,直接上机检测。
5. 结果清晰,软件分析结果界面友好,标出了每个样品的基因型及荧光强度,非常直观。
提供结果
1. 实验流程
2. 电泳图
3. 定量PCR结果
4. SNP分型统计结果
三、荧光定量染料法
荧光定量染料法使用美吉生物自配的PCR Mix试剂(专用于SNP检测)进行荧光定量PCR检测,可对已知序列的SNP位点进行大规模的筛选,具有通量大,操作简单,成本相对较低等特点。
技术特点
1. 可以对已知的SNP位点进行大规模筛选。
2. 应用ABI7500定量PCR仪进行定量检测。
3. 操作简便,只需一步 PCR 反应,无须进行纯化和预处理,直接上机检测。
4. 美吉生物自主技术和试剂,成本相对较低。
提供结果
1. 实验流程
2. 电泳图
3. 定量PCR结果
4. SNP分型统计结果
SNP分型检测,
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