产品介绍
探针捕获测序是美吉自主研发的目标区域基因检测方案,该方案基于多因素算法对目标区域基因组进行设计,然后合成出有效的特异性探针, 进而与基因组DNA进行液相杂交,将目标区域序列进行捕获并富集后,使用主流的illumina测序平台进行高通量测序。 通过对大量样本的目标区域研究,有助于发现和验证疾病相关的目标基因和关键位点,在临床诊断和药物开发方面有着巨大的应用空间, 同时在农业领域相关研究中也有广泛应用的潜力。
技术指标
探针捕获测序 |
样品要求 |
样品总量:≥0.5 μg DNA (提取自新鲜及冻存样本);
≥1.0 μg DNA (提取自FFPE样本)
样品浓度:≥20 ng/µl |
捕获平台 |
美吉探针 |
安捷伦 |
Nimblegen |
测序策略 |
Hiseq PE150 |
测序深度 |
?500 X |
服务流程
![](http://cache1.bioon.com.cn/ewebeditor/uploadfile/201607/20160726154936512.png)
标准分析流程:
![](http://cache1.bioon.com.cn/ewebeditor/uploadfile/201607/20160726154936226.jpg)
应用方向
![](http://cache1.bioon.com.cn/ewebeditor/uploadfile/201607/20160726154936451.jpg)
案例分享
癌症个体化深度测序(CAPP-Seq)方法检测肺癌患者血浆ctDNA
研究概要:癌症个体化深度测序(CAPP-Seq)利用定制化位点库作为“筛选器”,对样本进行靶向捕获后再进行超深度测序(可达到10000X),对肿瘤的ctDNA检测灵敏度更高,特异性更强,与全外显子测序相比经济可行。采用CAPP-Seq方法检测肺小细胞癌(NSCLC)血浆中的ctDNA发现该方法对于突变位点的捕获效率在95%以上,特异性可达96%,突变检出率精准至0.02%,NSCLC临床II?IV期(Stage II?IV)检出率为100%,NSCLC临床I期(Stage I)检出率为50%。由此可见,CAPP-Seq方法能广泛用于常规临床检测、恶性肿瘤监测、个性化癌症治疗方面。
实验思路:
![](http://cache1.bioon.com.cn/ewebeditor/uploadfile/201607/20160726154937808.jpg)
实验结果:
1.CAPP-Seq方法的灵敏性和特异性的评估及临床检出率
![](http://cache1.bioon.com.cn/ewebeditor/uploadfile/201607/20160726154938589.jpg)
本实验检测了13个非小细胞肺癌病人的35份游离 DNA 样本,和5个正常人的游离 DNA 样本。同时,也检测了病人的肿瘤样本、和germline 样本(外周血白细胞DNA),把测序的结果进行数据分析。以肿瘤样本中检测到的突变为阳性标准,画出 ROC 曲线。AUC(Area Under Curve) 值的取值范围在:0.5-1之间。越接近1,则这个检测的分辨效果越好,越接近0.5,则分辨效果越差。这13个病人当中,包括了4个癌症 I 期的病人,和9个癌症 II 期到 IV 期的病人,如果只看这9个癌症II 期到 IV 期的病人的结果(红色曲线),AUC值达到0.99。这两个数值,0.95和0.99的 AUC 值,都说明:CAPP-seq 是一个相当好的检测肿瘤基因突变的方法。
2. NSCLC患者在不同时期不同治疗方法下的血浆ctDNA含量图
![](http://cache1.bioon.com.cn/ewebeditor/uploadfile/201607/20160726154938982.jpg)
为探究ctDNA浓度与疾病负荷情况的关系,本文检测不同治疗手段下的3个晚期NSCLC患者在不同时期的血浆DNA含量。结果显示,P15中检测到SNV及indel与ctDNA含量的相关性是0.95;P9中融合基因与ctDNA含量的相关性是0.85(图9)。由此可见,CAPP-Seq可以应用于早期或者晚期肿瘤负荷检测,以及评价预后效果。
参考文献:
[1]Forshew,et al.Noninvasive Identification and of Cancer Mutations by Targeted Deep Sequencing of Plasma DNA.Science Translational Medicine.2012 May 30;4(136):136.
[2]Aaron M Newman,et al. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA With broad patient coverage. Nature Medicine.2014 May;20(5):548-54.
人目标区域探针捕获测序,
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