1. 产品简介
小RNA为一类重要的体内调节分子,主要包括miRNA、piRNA、siRNA。它的功能主要是诱导基因沉默,参与基因转录后调控,从而调节细胞生长、分化,以及个体发育、生殖等重要生物学过程。
小RNA测序技术采用胶分离技术,收集样品中18-30nt或18-35nt的RNA片段,利用高通量测序技术,一次性获得单碱基分辨率的数百万条小RNA序列信息,依托强大的生物信息分析平台,鉴定已知小RNA,并预测新的小RNA及其靶标。
2. 生物信息分析内容
2.1 标准信息分析(基因组做参考序列,需提供参考基因组序列及基因注释结果)
1) 数据过滤:对原始数据进行去除低质量、去除接头等处理得到备用的序列;
2) 长度分布统计:统计小RNA的长度分布;
3) 基因组比对:将clean reads定位到参考基因组序列上面(需要基因组参考序列);
4) 已知miRNA鉴定:与miRBase 21中指定范围的miRNA比对;
5) 非编码RNA比对:与Rfam 12.0中的序列进行比对,鉴定各类非编码RNA;
6) 与Repeat区域进行比对,得到Repeat的注释信息;
7) 与exon/intron区域进行比对,得到exon/intron的注释信息;
8) novel miRNA预测:对未注释的序列进行novel miRNA预测;
9) miRNA表达量统计;
10) miRNA表达量水平分析:差异分析和聚类分析;
11) miRNA结构水平分析:碱基偏好性分析;
12) miRNA功能水平分析:miRNA靶基因预测和靶基因的功能注释分析;
13) miRNA家族分析(仅分析miRBase中有收录的物种)。
2.2 个性化信息分析
2.2.1 siRNA病毒鉴定
1) 与宿主基因组比对;
2) 与GenBank Virus RefSeq比对;
3) sRNA拼接;
4) 拼接Contigs分类注释;
5) 候选病毒汇总;
6) 评估筛选病毒库。
2.2.2 siRNA分析(针对有参植物样本,在标准分析的基础上进行)
1) 已知siRNA鉴定(只能做有参考序列的物种);
2) ta-siRNA预测:对未注释的序列进行siRNA预测;
3) siRNA靶基因预测(需提供基因参考序列)。
2.2.3 piRNA分析(针对有参动物样本,在标准分析的基础上进行)
1) 已知piRNA鉴定;(只能做有参考序列的物种);
2) novel piRNA预测:对未注释的序列进行novel piRNA预测;
3) piRNA碱基偏好性分析;
4) piRNA簇分析。
2.3 联合分析(转录组和小RNA)
1) miRNA对应的转录本信息;
2) 转录本对应的miRNA信息;
3) miRNA与转录本的相关性分析;
4) miRNA的调控网络分析;
5) miRNA靶基因的功能注释。
2.4 定制化分析
可结合客户需求,指定定制化分析内容
3. 样品要求
1) 样品类型:去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA;
2) 样品需求量:≥10 μg;
3) 样品浓度:≥200 ng/μl;
4) 样品纯度:OD260/280=1.8~2.2,OD260/230=1.8~2.2,28S:18S≥1.5,RIN≥8.0;
5) 提取总RNA时请不要使用Qiagen等公司的过柱试剂盒,也不要使用LiCl沉淀;
6) 如果使用mirVana™ miRNA Isolation Kit等试剂盒回收的<200 nt的Small RNA(无法判断RNA的完整性),测序请提供浓度≥20 ng/µl、总量≥1 μg的RNA样品。
小RNA测序,
小RNA测序信息由安诺基因为您提供,如您想了解更多关于小RNA测序报价、型号、参数等信息,欢迎来电或留言咨询。