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单个蛋白质身份鉴定是生物化学领域非常常见的问题,目前有两大方***:Edman降解法和质谱方法。质谱方法又细分为两大类型:MALDI-TOF和LC-MS/MS,.但是,主流文献中的方法都是LC-MS/MS(首选AB SCIEX的5600-plus或者thermo公司的orbitrap类型的质谱仪)。
对一个特定时间、特定突变体、特定环境变化条件下进行细胞或组织全蛋白质的鉴定是生物学中常见问题。解决该问题流行的方法是LC-MS/MS,而Thermo公司的Orbitrap质谱和AB SCIEX公司的5600-plus是主流仪器,该领域zei经典的文章是2011年发表在MSB(molecular system biology)上面的两篇文章,是蛋白质组领域两个zei著名的实验室(mann lab和ruedi lab)的文章。该工作在任何有LC-MS/MS仪器的公司均可以做,差异在鉴定数目。
信息分析内容
l mascot数据库检索,结果可靠性评估和过滤;
l 鉴定结果质量评估、重复性分析;
l GO功能注释、Pathway 代谢通路注释;
l GO富集、Pathway富集;
l 样品间label-free定量,差异表达分析。
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