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利用甲基化核苷酸抗体对甲基化片段进行富集,然后利用Hiseq2000测序平台进行100PE测序,能够针对性的对甲基化区域进行深度的测序,分析基因组中高度甲基化的基因序列,在基因组整体水平上进行分析,研究与疾病或性状相关的差异甲基化区域。
一、技术优势:
检测范围广:覆盖整个基因组范围的甲基化区域。
高性价比:基于抗体富集原理的测序方法,可以较低的成本进行多样品间的全基因组DNA。甲基化差异分析,特别适用于大样本量的疾病表观研究。
二、标准信息分析内容包括:
1.MeDIP-seq序列与参考序列的比对。
2.MeDIP-seq序列数据在全基因组的分布趋势
2.1 MeDIP-seq测序reads在全基因组上的覆盖深度
2.2 MeDIP-seq测序reads在CpG位点上的覆盖深度
2.3 MeDIP-seq测序reads在不同基因功能元件上的分布
2.4 MeDIP-seq测序reads在不同GC含量区域中的分布
3.统计MeDIP-seq序列富集区域(peak)的信息;
3.1 Peak扫描
3.2 寻找Peak相关基因
3.3统计Peak在不同基因功能元件上的分布
4.基于peak的多样品间差异分析
4.1 分析各样品间的peak相关差异基因
4.2 对各样品间的差异基因进行GO功能富集分析及pathway功能分析
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