标准信息分析 l 对原始数据进行去除接头和低质量reads的处理 l 测序评估 l 基因表达注释 l 基因差异表达分析 l 预测新转录本 l 等位基因差异表达分析(需正反交实验设计) 无参考序列信息分析 l 对原始数据进行去除接头序列及低质量reads的处理; l 数据产出统计及测序数据的成分和质量评估; l 组装结果分析(Contig长度分布、Unigene*长度分布); l Unigene 功能注释及COG分类; l Unigene 的GO分类; l Unigene 代谢通路分析; l 预测编码蛋白框(CDS); l Unigene 表达差异分析; l Unigene 在样品间的差异GO分类和Pathway 富集性分析; l SNP 分析; l SSR 开发及引物设计; l 主成分分析(五个或五个以上样品); l 条件特异表达分析(五个或五个以上样品)