1. 超声打断基因组
将基因组DNA超声打断成400bp-500bpDNA片段;
2. 甲基化DNA免疫共沉淀
a) 加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份;
b) 其中一份单链DNA样品加入抗5’-甲基化胞嘧啶核苷抗体。
c) 用免疫磁珠法分离b步样品中甲基化DNA片段的抗体复合物,样品中其余的非甲基化DNA片段被清洗掉;
d) 纯化免疫共沉淀的DNA片段(MeDIP);
3. MeDIP与 Input DNA片段线性扩增
使用Sigma WGA Kit对上述两份DNA片段(MeDIP 与 Input)进行扩增。该步骤使检测的灵敏度得到大幅度提升,用微量的检测样品就能得到精确的检测结果;
4. 荧光标记
对MeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记;
5. 芯片杂交
标记后的MeDIP与Input样品混合、变性,与甲基化微阵列检测芯片杂交;
6. 图像采集和数据分析
用高解析度芯片扫描仪检测杂交信号;用专业商用分析软件对杂交结果进行数据提取、标准化、峰值分析、报告;
7. 提供实验报告 包括详细的实验方法和芯片实验数据和图表。
Scanning Image:Cy3、Cy5荧光扫描图像
Raw Data:包括每个探针的荧光信号强度原始数据。
Probe Report:经过校正得到每个探针的log2(MeDIP/input)值以及p-value值,log2(MeDIP/input)值代表每个探针在MeDIP DNA和input DNA中的相对富集强度, P-Value表示探针红绿信号差异是由非生物因素造成的概率;P-Value越低,表示该探针越有可能代表一个甲基化事件,P-Value由修正的KS检验算法计算。
Peaks Report:Peaks代表可能的DNA甲基化区域,由专业商用软件计算,报告包括可能的Peaks的染色体定位信息以及Peaks周围的基因和CpG岛的相关信息。
Summary Report: 提供多样本之间Peaks区域的比较以及汇总以提供参考。