10x Genomics Chromium Controller 单细胞测序文库构建解码系统
仪器主要用途：
应用微流体芯片将样品（高分子量DNA或单细胞）进行快速分区，而后添加序列标签，对样品进行定相结构变异分析、单核苷酸变异及插入分析，以及对数万个单细胞进行动态基因表达谱分析。可同时检测来源于同一细胞中表达谱及VDJ区域基因全长。可以检测单细胞水平基因拷贝数变异和开放染色质。应用Feature Barcoding技术可以在单细胞水平，同时检测同一细胞中基因表达以及细胞表面蛋白表达。提供开源的数据分析和可视化分析软件。
Chromium Controller仪器主要性能：
● 18分钟时间内捕获500-80000+个细胞
● 可同时检测1-8个样本
● 细胞的最小尺寸没有限制
● 细胞捕获效率可以达到65%
● 双细胞概率低：0.9%每1000个细胞
● 兼容Illumina测序系统
主要应用方向：
● 肿瘤异质性 ● 稀有细胞检测 ● 细胞发育机制 ● 单细胞RNA基因表达谱 ● 疾病路径调查 ● 功能基因的筛选 ● 丰富组织器官表型 ● 通路和细胞信号分析 ● 药物筛选 ● 基因特征识别 ● 了解克隆演化 ● 生物标志物的发现
研究领域：
● 免疫学 ●癌症研究 ●干细胞生物学 ● 免疫肿瘤学和免疫治疗 ● 自身免疫疾病和炎症性疾病 ●流行病学 ●神经科学 ●发育生物学 ●群体遗传学 ●移植和免疫重建 ●基因编辑 ●生殖健康 ●遗传性疾病 ●生物多样性 ●传染病和疫苗研究
单细胞基因表达谱：
● 兼容不同类型的细胞（细胞系、悬浮细胞、组织解离细胞、血液、细胞核等）
● 根据细胞表达谱对细胞群体进行聚类分析；
● 识别和区分不同的细胞类型
● 定义新的细胞类型和细胞状态
● 分析理解细胞异质性及其对生物系统的贡献
● 在不了解细胞亚型或细胞标志物的情况下对细胞群体进行表征
单细胞免疫组：
●可构建并解码5’基因表达谱文库， T细胞和B细胞受体VDJ区域全长测序文库
● 对单个T细胞内的TCR的α和β链匹配
● 对单个B细胞内的BCR的重链和轻链匹配
单细胞表观基因组学：
● 在转录起始位点（TSS）和调节区用富集信号检测开放染色质
● 研究和比较感兴趣区域的开放染色质● 基于开放染色质区和富集转录因子(TF)基序的细胞聚类
和鉴定
● 在不到一天的时间内完简单、精简的工作流程
● 原代细胞、新鲜的和冷冻保存的细胞系样品已进行过论证
单细胞基因表达的靶向方法：
●集中在你感兴趣的相关基因和路径上，使用综合的，预先设计的panel，能够添加多达200个自定义基因，或设计一个完全定制的panel。
●更高的通量和降低达90%的测序成本
●简化工作流程，同时保持较高的基因检测敏感性和降低计算负担
●在全转录组和同一个文库的靶向分析之间无缝过渡，以验证发现或探索新假设
●通过利用混合捕获方法来丰富文库，最大限度地减少偏差的引入
单细胞多组学：
同一细胞转录组和表观基因组的同时分析：
● 通过整合在同一细胞中的直接检测基因表达和表观遗传学，消除了在生信上推断关系的需要
● 确定认定的调节元件和它们的目标基因之间的联系
● 简单可靠的工作流程
● 易于使用的数据分析和可视化软件单细胞基因表达结合Feature Barcode技术
● 可同时检测同一细胞中基因表达以及细胞表面蛋白表达
● 可同时检测数万个单细胞中CRISPR介导的对基因转录水平的扰动
● 对细胞表面抗原特异性细胞进行表达谱文库和T细胞受体文库构建
10x Genomics Chromium Controller 单细胞测序文库构建解码系统,Chromium Controller
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