双链 DNA 分子在一般的聚丙烯酰胺凝胶电泳时,其迁移行为决定于其分子大小和电荷。不同长度的 DNA 片段能够被区分开,但同样长度的 DNA 片段在胶中的迁移行为一样,因此不能被区分。TTGE 时间温度梯度凝胶电泳技术在一般的聚丙烯酰胺凝胶基础上,加入了尿素和甲酰胺梯度或是温度梯度,从而能够把同样长度但序列不同的 DNA 片段区分开来。一个特定的 DNA 片段有其特有的序列组成,其序列组成决定了其解链区域(melting domain, MD)和解链行为(melting behavior) 。一个几百个碱基对的 DNA 片段一般有几个解链区域,每个解链区域有一段连续的碱基对组成。当温度逐渐升高达到其zei低的解链区域温度时,该区域这一段连续的碱基对发生解链,当温度再升高依次达到各其他解链区域。