10x Genomics 空间转录组测序

10x Genomics 空间转录组测序

空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着，使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。

单细胞RNA测序或组织样本RNA测序，均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体位置的转录信息，为研究和诊断提供有效数据支撑。

产品介绍

   图 | 欧易生物空间转录组测序技术已通过10x Genomics CSP官方认证

应用方向

10x Genomics空间转录组技术可以应用于肿瘤、免疫、发育、神经和病理等研究方向

技术优势

• 广泛的样本适用性：适合大多数组织类型

• 简单的操作流程：一个工作日内可完成从组织切片到文库的工作流程

• 较高的分辨率：每个捕获区域包含 5000 个 spots，每个 spots 捕获平均 1-10 个细胞

• 易于与组织学分析的实验室方法和工具集成

常见问题

Q1. 为什么要做空间转录组？

下图A和B是两个肿瘤组织的切片，A样本中存在淋巴细胞浸润现象，预后效果良好；而B样本淋巴细胞都被肿瘤组织阻碍在肿瘤的边缘，预后效果差。

如果只是通过常规转录组或者单细胞转录组，研究人员在两个样本中均可以发现淋巴细胞相关基因或者淋巴细胞群，无法解释两个样本预后之间的差异。但是通过空间转录组，就能很清晰看到两个样本之间的差异。

Q2. 有哪些技术手段可以进行空间转录组研究？

已发表的关于空间转录组技术有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。这些方法或是在细胞数量上限制较大，或是存在有效测序深度不足等问题。

10x Genomics公司提供的Visium空间基因表达解决方案是目前可选的一个高通量空间转录组的商业化解决方案。该解决方案可以轻松地将空间转录组学技术应用到组织切片和染色的标准方法中，从而研究空间分辨率下整个转录组mRNA的表达情况，同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。

Q3. 10x Genomics空间转录组技术的准确性高吗？

下图是一个将10x Genomics空间转录组技术应用于小鼠海马体研究的案例。A图为脑组织切片的HE染色结果，从10x Genomics空间转录组分析结果中，可以清晰看到Tmsb4x（B图）和Selenow（C图）在海马体区域高表达，和已知的研究结果一致性较高。

Q4. 10x Genomics空间转录组技术适用于哪些组织样本？

除了皮肤、胰腺和骨头组织外，其余样本类型均可开展10x Genomics空间转录组研究。10x Genomics公司已经测试完毕的组织类型有：

人：心脏、肾脏、卵巢、乳房、淋巴结、大脑、大肠、肺、脾脏

小鼠：大脑、眼睛、心脏、肾脏、大肠、肝脏、肺、卵巢、四头肌、小肠、脾脏、胃、睾丸、甲状腺、舌头

大鼠：大脑、肾脏、心脏

Q5. 基于10x Genomics空间转录组技术的已发表的文献有哪些？

Q6. 开展10x Genomics空间转录组需要做哪些准备？

空间转录组是一项前沿技术，涉及到很多细节方面的准备工作，例如组织类型的选择、前期预实验的设计、病理区域的确认等一系列内容。而且实验中存在很多不确定性因素，处理不慎容易导致整个项目失败。

10x Genomics 空间转录组测序信息由上海欧易生物医学科技有限公司 为您提供，如您想了解更多关于10x Genomics 空间转录组测序报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。