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一、 实验原理:染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是目前研究体内DNA与蛋白质相互作用最为主要的方法之一。本实验的原理是在活细胞状态下通过化学交联剂将蛋白质-DNA复合物固定,并将其随机打断成一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学的方法沉淀出目的蛋白质-DNA复合体,从而特异性地富集与目的蛋白相结合的DNA片段。通过对目的DNA片断的纯化与检测,最终获得蛋白质与DNA相互作用的信息。染色质免疫共沉淀技术广泛的应用于表观遗传(组蛋白等)分析,转录因子结合位点分析等蛋白质与DNA结合的试验分析中。随着第二代测序技术的逐步完善和成熟,染色质免疫共沉淀结合第二代高通量测序技术(ChIP-seq)正逐步成为基因调控网络研究中一种非常有效的研究手段。 二、实验步骤A]实验材料的交联处理(室温):B]实验材料的染色质抽提(4度):C]染色质的超声波片段化(4度):D]染色质前处理和免疫共沉淀(4度):孵育抗体和磁珠染色质的预处理免疫沉淀E]洗脱蛋白质-DNA复合物并释放DNA(4度):F]纯化DNA(室温):G]对ChIP DNA进行定量: 三、实验结果%Input=2(CtInput-CtChIP)×Fd×100%;Fold Enrichment = [%(ChIP/Input)] / [%( Negative control/Input)] 实验报告(实验仪器设备、试剂、实验方法、数据分析结果)
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