2019年,发表在Nature Cell Biology(IF: 28.824)上的5-methylcytosine promotes pathogenesis of bladder cancer through stabilizing mRNAs的文章,通过单碱基分辨,分析人类膀胱尿路上皮癌(UCB)样本中mRNA的5甲基化胞嘧啶(m5C)修饰,鉴定出大量的癌基因mRNA携带高甲基化m5C修饰位点,并且高甲基化修饰基因在UCB样本中呈现高表达。此外证明,YBX1可以特异性的识别m5C位点(Reader),YBX1通过募集ELAVL1蛋白维持靶向mRNA的稳定性。此外发现,NSUN2和YBX1通过结合HDGF基因3’端非编码区域的m5C位点驱动UCB的发病机制。本文揭示了m5C mRNA修饰对癌基因激活调控的新机制,也为不同肿瘤研究提供了新思路和潜在的治疗策略。
在猪粪便样本噬菌体和原噬菌体重叠群中发现的ARGs
三、哺乳动物:m5C修饰在mRNA出核和转录后调控中发挥重要作用
2017年,发表在Cell Research(IF: 25.617) 上,题为5-methylcytosine promotes mRNA export — NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m5C reader的研究发现,m5C修饰在富含CG的区域和翻译起始位点下游的区域富集,在哺乳动物转录组中具有保守的、组织特异性的和动态的特征。此外,mRNA中m5C的形成主要是由RNA甲基转移酶NSUN2催化的,且m5C在体内是由mRNA运输因子ALYREF特异性识别。NSUN2调节ALYREF的核-质穿梭、RNA结合亲和力和相关mRNA的出核。该研究提供了哺乳动物转录组的m5C的全面概况,并表明m5C修饰在mRNAc出核和转录后调控中发挥重要作用。
四、人细胞:重亚硫酸盐处理结合高通量NGS策略,单碱基分辨率检测(h)m5C修饰分布
2021年,发表在RNA Biology(IF: 4.652)上,题为Bisulphite miRNA-seq reveals widespread CpG and non-CpG 5-(hydroxy)methyl-Cytosine in human microRNAs文章,通过重亚硫酸盐处理结合高通量NGS策略,以单核苷酸分辨率系统地分析miRNAs中的(h)m5C,即BS-miRNA-seq,单核苷酸分辨率系统地检测了人类细胞系和人外周血单核细胞(PBMC)中miRNAs上的(h)m5C修饰,并通过开发的专用的分析流程(MAmBA)分析了样本中的(h)m5C甲基化图谱,发现(h)m5C是人miRNAs中广泛存在的修饰,并不局限于CG序列,并且通过m5C和hm5C的抗体免疫沉淀验证了实验结果,也首次表明了人类miRNA包含hm5C修饰。
参考文献:
①Yang Y, et al.RNA 5-Methylcytosine Facilitates the Maternal-to-Zygotic Transition by Preventing Maternal mRNA Decay. Mol Cell. 2019 Sep 19;75(6):1188-1202.e11.
②Chen X, et al.5-methylcytosine promotes pathogenesis of bladder cancer through stabilizing mRNAs. Nat Cell Biol. 2019 Aug;21(8):978-990.
③Yang X, et al.5-methylcytosine promotes mRNA export - NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m5C reader. Cell Res. 2017 May;27(5):606-625.
④Carissimi C, et al.Bisulphite miRNA-seq reveals widespread CpG and non-CpG 5-(hydroxy)methyl-Cytosine in human microRNAs. RNA Biol. 2021 Dec;18(12):2226-2235.
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。2022年4月1日,《Biomark Res》杂志发表了题为“Biological roles of RNA m5C modification and its implications in Cancer immunotherapy”的综述文章,综述了RNA m5C甲基化修饰的生物学作用及其在癌症免疫治疗中的潜在机制。期刊:Biomarker Research日期:2022.04.01IF:8.