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EST(Expressed Sequence Tag)表达序列标签是指随机从构建的cDNA文库中挑选克隆,并进行5'端和3'端一次性测序所获得的短cDNA部分序列,一般长度为150~500bp。虽然EST只是完整基因的一部分,但是其序列长度已足以代表该基因,因此可以采用EST特异性地标记基因。目前,EST的数目GenBank中其他核苷酸序列多,所以在EST 库中更容易搜寻到新的基因,它已被广泛地应用于基因的识别。另外,由于EST 来源于特定组织在特定环境下总mRNA所构建的cDNA文库,因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。
EST测序的应用基因表达谱分析SSR标记的发掘作为构建分子标记连锁图谱的探针生物信息分析1. 基本信息分析a.从峰图到序列的转化,去除低质量的序列和载体序列b.序列拼接c. EST注释d. ORF预测及分析e. 基因注释(NR、NT数据库)2. 高级信息分析a.功能蛋白分析b.Interpro功能域分析c.序列属性及其对应Unigene的分析d. COG分析e. Pathway分析提供结果 1. 测序峰图及序列文件 2. 生物信息分析报告
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