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DNase I footprinting assay(DNase I足迹分析实验)又称足印法(footprinting)是一种用来测定DNA-蛋白质专一性结合的方法。用于检测与特定蛋白质结合 的DNA序列的部位,可展示蛋白质因子同特定DNA片段之间的结合区域。其原理为:DNA和蛋白质结合以后便不会被DNAase分解,在测序时便出现空白区(即蛋白质结合区),从而了解与蛋白质结合部位的核苷酸对数目。在用酶移出与蛋白质结合的DNA后,又可测出被结合处DNA的序列。 目前,凝胶阻滞实验(EMSA)和DNase I足迹分析实验是重要的一套体外研究工具:凝胶阻滞实验可以确定转录因子是否与DNA直接结合,而DNase I足迹分析实验则可以精确鉴定其结合的DNA序列,从而帮助我们研究基因转录调控的机制。经典的DNase I足迹分析实验需要使用同位素进行标记,并在反应完成后通过跑原始的DNA测序胶来检测;该方法不仅危险,而且费时、对操作者的技术要求高、成功率低。针对这种情况,我公司目前推出利用“荧光标记”结合ABI测序仪的方法来进行DNase I足迹分析实验。 一、“荧光标记”的优势:
1.相对于“同位素标记”,“荧光标记”更安全、无污染; 2.“荧光标记”,实验的速度快、重复性好、灵敏度高。 荧光标记法,由于可以进行DNA的精确定量,并可以在常规的实验台上面操作;同位素标记法只能通过放射性强度来估测,且操作时需要特别的保护装置,操作不便。因此,荧光标记法的可重复性要远远好于同位素操作。
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