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甲基化特异性的PCR(Methylation-specific PCR,MSP)
DNA,所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不变;随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物,如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段,则说明该位点存在甲基化;反之,说明被检测的位点不存在甲基化。
特点:适用范围广,能够检测特异位点是否发生甲基化。2.亚硫酸氢盐测序法(Bisulfite sequencing PCR,BSP) 用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不变。随后设计BSP引物进行PCR,在扩增过程中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶,最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生甲基化,称为BSP-直接测序法。将PCR产物克隆至载体后进行测序,可以提高测序成功率,这种方法称为BSP-克隆测序法。特点:精确度高,能够准确检测出甲基化的程度百分比。送样要求:细胞(≥106 个)、组织(≥300mg)、血液(≥1ml)、血清(≥1.5ml)等样品材料,基因组DNA(体积≥20μl,浓度≥50 ng/μl)。
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