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Omni芯片家族自2009年上市以来,已经提供了一系列灵活的芯片,它们带来了精选自国际HapMap计划和千人基因组计划的常见和稀有变异。有了Omni芯片家族,研究人员能够立即开始新一代GWAS。 Omni家族芯片产品信息注:自定义位点是在芯片SNP位点基础上,可自定义添加最大位点数,N/A表示不能添加。 1. Human Omni ZhongHua-8 BeadChip芯片服务(推荐)—特别覆盖中国人特有的常见和稀有变异1)第一款人类种群特异的全基因组芯片,经过优化的标签SNP内容来自HapMap所有三个阶段以及千人基因组计划(1kGP),可用于在中国人种群中探索全新的疾病和性状关联。 2)特别覆盖中国人81%的常见变异(MAF> 5%)和60%的稀有变异(MAF > 2.5%),适合全基因组关联研究(GWAS)。 3)采用Illumina专利的BeadArrayTM技术,可提供非常高的数据质量,平均检出率> 99%,重复率> 99.9%。 2.HumanOmni5-Quad芯片服务1)4个样品的Omni5芯片特有超过430万个标记物/样品。 2)特有来自千人基因组计划的新颖、常见和稀有变异。除了提供人类变异(MAF低至1%)的密集覆盖,覆盖了基因组中与疾病关联的高价值区域,包括基因区域、MHC区域和非同义SNP。 3)特有来自千人基因组计划的近5000个插入缺失和多碱基替换标记物,能帮助研究人员阐明结构变异如何影响性状和疾病。 4)可自定义的 500K位点让研究变得更具灵活性,可以方便更高密度靶定基因组的特定区域。 简单的实验过程: 更多的发现内容: 您需要给我们提供: 样品类型:组织、细胞、基因组DNA(> 3微克) 样品要求: 1) 样品纯度:OD 260/280值应在1.7~2.0 之间;RNA 应该去除干净;不得有其它个体或其它物种的DNA污染。 2) 样品浓度:浓度不低于55ng/μl; 3) 样品总量:每个样品总量不少于5μg 。 4) 样品溶剂:溶解在TE中。 5) 样品运输: DNA低温运输(-20℃);在运输过程中请用parafilm将管口密封好,以防出现污染。 我们能给您提供: 数据分析结果展示:Manhattan plot:可以用来观测各个染色体中显著差异SNP探针的数据分布。基因组坐标沿X-轴显示,显示在Y-轴为每个单核苷酸多态性的关联P-值的负对数。 连锁不平衡(linkage disequilibrium)是指基因组中不同基因座间存在的非随机关联,即不同基因座的非等位基因间的非随机组合。LD Plot表示该基因所有snp的的连锁情况,各个方块的颜色由浅至深(白—红),表示连锁程度由低到高,深红色表示完全连锁。 LOD Plot (log odds score)是根据遗传标志与致病基因的连锁,和在家系中的重组值,即两者之间的遗传距离,得出两者连锁的似然性比例。LOD值为0,意味着连锁假设与不连锁假设的可能性相等;LOD值为正值,有利于连锁;LOD值为负值,表示有一定重组率的连锁。显著的域值是﹢3和﹢2。LOD﹦﹢3时,连锁的概率为95%。 单倍型又称单体型,是tagSNP的call在染色单体上的线性排列,单倍型分析的目的是看是否所有患病个体都继承了同样的单体型。在下图中,患病个体画框的里面单体型是一样的。
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