10x Genomics Chromium 系统全面出击,提供基因组、转录组、免疫组、表观组解决方案。
10x Genomics Chromium系统基于GemCode技术,利用精确的微流控体系,通过油滴包裹的凝胶珠(GelBead In Emulsions,GEM),形成数千个微反应体系。
图注:单个T细胞和编码凝胶微珠及反应试剂被油滴包裹封装形成的乳浊液滴,在Chromium系统内形成一个微反应体系。
Chromium系统可在几分钟之内将样本封装到数百至数万个微反应体系,每个微反应体系中含有可唯一识别的编码DNA用于后续数据拆分及分析。
每个凝胶珠(Gel Bead),注入数百万独特的寡核苷酸序列,与样品混合,样品可以是高分子量(HMW)DNA,单个细胞,使用特征编码技术(Feature Barcoding Technology)标记的细胞,用转座酶处理的细胞核,或细胞珠(Cell Beads)。接下来凝胶珠和样品被油-表面活性剂溶液包裹,形成GEMS,其作为单独的反应襄泡,随后凝胶珠溶解并且样品被编码DNA所标记(如图1)。然后将每个液滴中含有10x barcode信息的产物混合,构建标准测序文库。待测序后,根据10x barcode序列进行HMW DNA,单细胞,单细胞核数据拆分,并利用10x Genomics提供的可特异性解析10x barcode的分析软件进行数据分析及可视化展示。
特点优势
该系统每次运行提供8个通道,每个通道可以收集100-10000个细胞;
针对不同应用,每次细胞分装运行时间从4.5min-20min不等;
细胞捕获效率最高可达65%;
测序结果中 doublet比例为0.9%/1000个细胞;
提供至少300万种序列标签,确保每个细胞均可获得唯一的标记;
针对V(D)J分析,可检出单个细胞的配对的TCR/BCR双链V(D)J全长序列;
针对单细胞CNV分析,单细胞CNV事件检出分辨率为2Mb,细胞亚群CNV事件分辨率可达百Kb级别;
针对单细胞ATAC分析,线粒体污染率低于2%;提供试剂,设备及分析软件的完整解决方案;
*该系统可以提供基于Linked-Reads技术的长片段测序文库;
*提供大于100万个独立反应体系;
*提供大于400万种标签序列,确保每个液体体系均可以获得唯一的标记;
*提供包含试剂,设备及分析软件Supernova,Long Ranger和Loupe Genome Browser的完整解决方案。
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Chromium 系统
10x Genomics Chromium 系统,基于GemCode技术,利用微流控体系,通过油滴包裹的凝胶珠(Gel Bead In Emulsions,GEM),形成数万个微反应体系。每个细胞的核酸被寡核苷酸条形码标记,实现单细胞的区分。10x Genomics Chromium系统,可以提供单细胞转录组,免疫组,表观组,蛋白组解决方案。通过单细胞测序,可以很好的帮助我们了解细胞异质性,发现稀有细胞及新细胞类型;寻找细胞亚型间的差异基因,助力寻找Biomarker;追踪免疫系统的细胞变化,鉴定可以特异性识别某种抗原的TCR/BCR序列;了解大规模CRISPR基因编辑细胞gRNA和细胞转录组之间的关系;在单细胞层面,解析每个细胞基因表达和ATAC的相关性,以及可以研究细胞内部基因表达及细胞表面蛋白表达的关系等。目前10x Genomics Chromium 系统广泛应用于肿瘤,免疫,发育生物学,神经科学,干细胞研究及药物研发等领域。
产品详情
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