- 快速掌握三代测序有哪些我们不能忽视的质控点
测序技术经过第一代、第二代的发展,读长从一代测序的近 1000bp,降到了二代测序的几百 bp,通量和速度大幅提升,而第三代测序的发展思路在于保持二代测序的速度和通量优势的同时,弥补其读长较短的劣势。三代测序与前两代相比,最大的特点就是单分子测序,测序过程无需进行 PCR 扩增。那么三代测序当中会有哪些质控点呢? 下面我们以 PacBio 为例为大家作以简单叙述:与二代测序一样,PacBio 三代测序的第一步也是核酸提取,其次是建库,其最主要的区别是建库过
- 毛细管电泳技术在引物质控方向的应用
毛细管电泳技术可应用于离子、化合物、蛋白、核酸、糖类以及细胞和病毒等物质的分离和分析,具有高效、快速、成本低、应用模式开放等显著优势。先多用于环境、食品和工业中的离子分析;药物成分分析和核酸蛋白分子产物检测等等。基于毛细管电泳技术研发的仪器很多,在核酸和蛋白检测方面,毛细管电泳技术正在逐渐替代传统平板凝胶电泳技术。毛细管电泳与传统的平板凝胶电泳相比具有高分辨率、高速度、高自动化的优势。Qsep 系列毛细管电泳仪独特,就是基于毛细管电泳技术,巧妙的将电泳胶和
- 论质控在 ngs 平台中的必要性
近年来,二代测序(NGS)技术迅猛发展,除 DNA 靶向捕获测序,RNA 测序,外显子测序,全基因组测序外,NGS 的临床应用也拓展至产前诊断,肿瘤早筛及用药指导等方面。鉴于这些应用与人类的健康疾病息息相关,NGS 流程中的任意步骤都不容忽视,因此,样本的质控必不可少。无论是哪种测序,在 NGS 的工作流程中,都离不开样品提取(核酸)→打断/反转录→扩增→构建文库→定量上机这一过程。这些过程环环相扣,每一个步骤的样本质量均会影响下一个步骤并最终影响到测序结
- Y 染色体微缺失检测原理及其重要性
当今世界,不孕不育问题凸显,世界上大约 2%-12% 的育龄夫妇生育力低下,其中与男性因素相关者约占一半。男性不育症的病因中,除了输精管道梗阻、炎症、性机能不全等以外,精子发生障碍也是一个重要病因。精子发生是指生精上皮的干细胞发育成成熟精子的一系列变化过程,其中任何一个环节异常均可以引起非梗阻性无精子症或者严重少精子症而导致男性不育。在精子发生障碍引起的男性不育患者中,Y 染色体微缺失是居于第二位的遗传因素。Y 染色体具有大量重复基因序列及回文结构,这些结
- 核酸质控设备三代全长转录组测序中的应用
全长转录本测序基于单分子实时测序 Pacbio Sequel 平台,它以长读长的优势、结合多片段文库筛选技术,实现了无需拼接的转录本分析,克服了传统二代转录组转录本拼接短、信息不完整的缺陷,可大大提高可变剪接、基因融合等分析的准确性。当然全长转录组测序除了不能定量以外的另一缺点就是价格昂贵,因为转录组信息存在组织差异,单一组织得到的全长转录本对该物种其他部位组织可能不是很全面或不太适用,所有部位单独建库测序的成本也很高,所以用一个物种不同部位组织混样进行高
- 新生儿孕育过程中地贫检测的重要性
在环境日益变差的当今社会,结合现代人的不规律生活方式,人类的身体健康正遭受越来越严峻的侵袭和伤害,有因为自身免疫下降导致的各种疾病,也有环境因素导致的基因变异,包括现在年轻人越来越多的不孕不育和自然流产,都和自身身体素质有关,当然,后者也需要结合当代医疗技术进行提前防治诊断。一个新生儿的诞生,是非常艰辛的过程,仅仅孕期检查就不下于 10 项,每个阶段有不同的项目。比如 15 周左右做唐氏综合症筛查,五个月左右,做四维彩超检查有无胎儿畸形,化验血常规检查有无
- 非洲猪瘟病毒检验方法
非洲猪瘟(African Swine fever;ASF),指由非洲猪瘟病毒(African swine fever virus;ASFV)所引起的猪只高传染性及高致死性疾病,需以病毒分离或核酸检测定序方法进行非洲猪瘟病毒检测,其中以核酸检测方法是用于检出持续感染动物最敏感方法,亦为针对保存不佳检体的有效检测方法,常用检测方法有: 一、病毒抗原检测 血球吸附试验(Haemadsorption test)- 病毒分离(Virus isol
- SNP 位点测定新方法——毛细管电泳技术
SNP(single nucleotide polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说,一个 SNP 位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。SNP 绝大多数位于非编码区,多为转换,即一种嘧啶碱基换为另一种嘧啶碱基,或一种嘌呤碱基换为另一种嘌呤碱基,转换与颠换之比为 2:1。目前,研究 SNP 突变变得越来越热门,因为
- 浓度测定新选择,助力核酸定量
在分子生物学实验中,核酸定量是必备的一个过程,包括初提产物的核酸(gDNA 和 Total RNA)质控,或者 PCR 产品和 NGS 文库质控。目前常见的定量仪器是 Nanodrop 和 Qubit,前者只需一两微升的样品,不需额外试剂,就可以利用核酸的紫外吸收特性,得到样本浓度值,但当样本为 DNA,却混有 RNA 时定量数据会出现较大偏差;而后者 Qubit 采用特异荧光染料法,可以特异地与不同种类的核酸链相结合,并在特定波长光源的激发下,发出荧光。
- NGS-ctDNA 给肿瘤精准医疗带来新希望
1948 年,Mandel 和 Metais 首次发现人体血液中存在着游离形式的 DNA。所有游离在血液中的 DNA 统称为 cfDNA(cell-free DNA),而来自肿瘤细胞的 cfDNA 就是 ctDNA。ctDNA(circulatingtumorDNA),又名循环肿瘤 DNA,主要有三种来源:坏死的肿瘤细胞、凋亡的肿瘤细胞以及肿瘤细胞的外泌体。ctDNA 以核小体为载体,以单个、双联或者三联的形式进入血液。同时有研究显示 ctDNA 的半衰期
- 毛细管电泳在 DNA 指纹图谱分析中的应用
1984 年英国莱斯特大学的遗传学家 Jefferys 及其合作者首次将分离的人源小卫星 DNA 用作基因探针,与人基因组酶切片段进行 Southern 杂交,获得了由多个位点上的等位基因组成的长度不等的杂交带图纹,这种图纹极少有两个人完全相同,故称为"DNA 指纹"。意思是它同人的指纹一样是每个人所特有的。众多「DNA 指纹」组成「DNA 指纹图谱」。DNA 指纹的图像在 X 光胶片中呈一系列条纹,很像商品上的条形码。DNA 指纹图谱
- 如何高效做好 RNA 质控
作为被生物医学界广泛关注的核酸家族的一大成员,RNA 一直是科研工作者持续进行深入研究的重点,而不论是总 RNA 还是 mRNA,亦或是近年来比较热门的 miRNA,都有一个让科研工作者「愤恨不已」的特性——容易降解!麻烦的是,RNA 的质量又与后续实验的结果息息相关,这使得 RNA 就如同一个磨人的小妖精般,给科研工作者增加了各种烦恼,浪费时间和人力物力,因此,在与 RNA 相关的研究中,RNA 的质控就显得尤其重要了。以总 RNA 为例,在全自动类分析
- cfDNA、ctDNA 和 CTC:液体活检家庭的三兄弟
随着精准医学概念的提出,精准医学已经逐渐被人们接受,肿瘤便是精准医学首要解决任务之一。说起肿瘤、癌症,已经不再像多年前一样谈癌色变,但目前我们还没有成功治疗癌症的方案,癌症仍然为人们所恐惧并以早发现早治疗为主。那么尽早检测和发现肿瘤便是首当其冲的核心任务。液体活检 (Liquid biopsy) 作为体外诊断的一个分支,是以一种非侵入式的血液测试来监测肿瘤或转移病灶释放到血液中的循环肿瘤细胞(circulating tumor cells,CTCs)和循环
- 全自动毛细管电泳仪的基础应用
全自动毛细管电泳仪的基础应用当你完成 PCR 以后,你还在拿出锥形瓶,称量并且融化琼脂糖,忍受 EB 挥发对身体的伤害吗?当你正在进行其他实验,会为自己忘记正在跑的胶,条带已经跑出去,感到懊恼吗?当你每天做实验忙的焦头烂额,还要为一个一个电泳上样而烦心吗?当你辛苦耗费多天完成了一个实验,欢喜的跑胶取数据的时候,会不会发现样品条带跑歪了,影响了你实验结果的美观呢?当你有了完整的实验数据后,却发现实验结果已经被其他的科研工作者抢发了,会不会因为发现自己浪费了太
- 热烈祝贺2017年第七届中国病理年会圆满闭幕!
由中华医学会、中华医学会病理学分会主办,江苏省医学会、江苏省医学会病理学分会承办,国际病理学会(IAP)中国分会、中国医师协会病理科医师分会、中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会、中国病理主任联会、中国病理学工作者委员会、中国医疗保健国际交流促进会病理学专业委员会协办的中华医学会病理学分会第二十三次学术会议暨第七届中国病理年会已于 2017年10月26~29日在江苏省苏州市苏州国际博览中心举行,昨日圆满闭幕!作为病理届一年一度的年度盛会,今年会场依然爆
- 毛细管电泳技术在 NGS 平台样本质控中的应用
一、抽提核酸质控(cf/ct DNA,Total RNA,mRNA,外泌体 RNA)核酸抽提是测序的第一步,抽提质量直接影响后期建库的质量及下机数据的质量。目前提取的核酸种类,已由常规的 Total RNA、DNA 和蛋白质,扩增到各类新兴的小片段核酸的提取,例如 cf/ct DNA、mRNA,外泌体 RNA 等等。此类样本的核酸提取试剂盒非常多,但由于本身含量低,加上抽提过程中的损失,如何完美地完成低浓度核酸样本的质控显得尤为重要。Cf-DNA(cell
- 毛细管电泳在微卫星标记中的应用
STR/SSR(Microsatellite,微卫星标记)也称为短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列,因此被认为是继限制性片段长度多态性(RFLP)之后的第二代遗传标记,广泛应用于遗传制图、基因定位、法医学鉴定、人类学以及遗传病的诊断等许多领域的研究。SSR 标记的检测可采用琼脂糖凝胶电泳、非变性 PAGE、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(变性 PAGE)或毛细管电泳荧光检测法, 所揭示的多态性因采用方法的不
- 毛细管电泳在二代测序(NGS)文库质控中的应用
近年来,二代测序(NGS)以其快速、高准确率和低成本的优势逐渐替代了一代测序,不断蓬勃发展。市场中上主流的 NGS 平台包括 IlluminaSolexa、Roche 454、ABI SOLID 和 Life Ion Torrent。NGS 使基因检测产业化成为了可能,现已广泛应用于产前诊断、肿瘤及多种遗传病的预防与治疗。为了得到良好准确的测序结果,减少测序过程中不必要的尝试,降低测序成本,上机测序前要求必须了解测序文库样品的大小分布和浓度。因此,文库质控
- 杭州厚泽生物-参展【2016年—慕尼黑上海分析生化展】
杭州厚泽生物-参展【2016年—慕尼黑上海分析生化展】—Q-sep100全自动核酸蛋白分析系统、TurboCycler梯度PCR仪— 2016年10月10-12日,第八届中国国际分析、生化技术、诊断和实验室技术博览会暨analytica China国际研讨会于上海新国际博览中心举行。杭州厚泽生物科技有限公司前往参展。慕尼黑上海分析生化展杭州厚泽生物科技有限公司展台 慕尼黑上海分析生化展(ana
- 光鼎 抢进两大应用领域
光鼎 抢进两大应用领域光鼎生物科技创立于2004年,2010年转型发展核酸检测仪器,推出QSEP系列全自动核酸分析系統,获得市场认可,销售成绩不断成长,2015年达成转型后的获利目标。今年光鼎着重两大应用领域,一是次世代测序平台(NGS)的质控,另一是分子诊断的临床应用。 NGS蓬勃发展,提供了许多分子诊断应用开发动能,目前NGS 应用于产前无创筛检及癌症检验非常热门,提供简单、便宜、精准、高效、安全的分子诊断的临床应用,避免传统胎儿DNA产前筛