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染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-Seq的原理是通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建,然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
一、技术路线和方法:
二、生物信息学分析2.1 基本数据分析Part01:测序数据质量评估Part02:reads比对到基因组Part03:peak查找Part04:peak全基因组定位Part05:peak在基因组repeat区域上的统计分析Part06:peak与Tss等位点距离分析Part07:peak附近区域序列提取及motif分析2.2 高级数据分析Part08:peak所在基因的COG/KOG功能分类(对植物)Part09:peak所在基因的GO功能分类Part10:peak所在基因Pathway分析Part11:peak所在基因互作网络构建Part12:差异分析(对双通道)三、二代测序平台
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