基于Illumina 测序平台,真核无参转录组测序采用Illumina Hiseq平台,对真核生物特定组织或细胞在某个特定状态下转录的所有RNA进行测序,拼接出最长的转录本为unigene,以unigene为参考序列进行转录本拼接、注释,全面分析基因表达水平和结构信息。
实验流程
应用方向
生物领域各个研究方面,如:
▶ 农林领域:抗逆胁迫机制,生长发育机制,育种保护研究等;
▶ 微生物领域:致病机理,耐药机制,病原体-宿主相互作用研究等;
▶ 海洋水产:渔业资源,海水养殖,渔业环境与水产品安全等;
▶ 基础医学、临床诊断:生物标志物,疾病机理机制,疾病分型,个性化治疗等;
数据分析
转录本拼接组装 | 基因表达水平定量 |
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基因功能注释(7大数据库) | 样品间相关性分析 |
CDS预测 | 基因差异表达分析 |
SNP分析、Indel分析 | 差异表达基因功能富集分析 |
SSR分析 | 差异表达基因的蛋白质互作网络分析 |
转录因子注释 | 个性化分析 |
技术优势
▶ 样品类型广泛:动植物组织、微生物、细胞、外泌体等;
▶ 质控严格:严格的质量控制,及时与客户沟通RNA质检结果;
▶ 平台优,数据质量高:基于优质的Illumina测序平台,建库成功率>98%,数据质量高,Q30>85%;
▶ 分析内容丰富:个性化分析,联合分析,分析内容更丰富。
参考文献
1. Prediction of a peptidome for the ecotoxicological model Hyalella azteca (Crustacea; Amphipoda) using a de novo assembled transcriptome. Mar Genomics. 2018
无参转录组测序技术-端足虫-通过对端足虫转录组分析,为生态毒理研究奠定良好的基础。
2. De novo assembling and primary analysis of genome and transcriptome of gray whale Eschrichtius robustus. BMC Evol Biol. 2017
无参转录组测序技术-鲸鱼-通过对灰鲸基因组和转录组分析,更好地了解鲸鱼的进化及其适应低氧环境的机制。
真核无参转录组测序,真核无参转录组测序
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